PCOS应注意与引起闭经、多毛和卵巢增大的其他疾病相鉴别。
1．高催乳素血症：闭经，溢乳，不孕，PRI和皿东海DHEA–S升高，男性化症侯不明显，卵巢正常。
2．胰岛素拮抗综合征和黑色素棘皮瘤：为一种胰岛素受体缺陷性疾病(A／B型）可出现类似于PCOS症状体征。其显著特征是，高胰岛素血症和颈、腋部黑色素棘皮瘤。
3．遗传性多毛症：有家族史，仅单纯性多毛而无PCOS症状和体征、生育力正常。
4．甲状腺疾病：包括甲亢和甲低，甲亢时T3、T4 、 SHBG增高，雄激素代谢清除率降低使血浆睾酮升高致男性化和月经失调。甲低时，雄激素向雌激素转化增加致无排卵。
5．肾上腺疾病：包括先天性肾上腺皮质增生、腺瘤和腺癌。后二者主要分泌雄烯二酮和四1EA，亦为自主性分泌，不受ACTH促进和地塞米松抑制，而先天性肾上腺皮质增生症，21–经化酶缺陷者，有典型外阴、泌尿生殖窦酶形伴性器发育不良。
6．卵巢男性化肿瘤：包括支持–间质细胞瘤、门细胞瘤、类脂细胞瘤、性母细胞瘤，黄体瘤、肾上腺残迹瘤、畸胎瘤和转移癌。以上除性母细胞瘤外，其他肿瘤多呈单侧生长实质性肿痛，雄激素分泌呈自主性，男性化症侯明显并常伴腹水及转移灶。
7．卵巢卵泡膜细胞增生症(ovarian hyperthecosis)：该症促性腺激素分泌正常。无卵巢增大，但卵泡膜细胞呈巢(岛)性增生，血浆维激素升高明显，伴严重男性化，对氯菧酚胺治疗不敏感。
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