病理解剖可见肾盂、肾盏粘膜充血、膨胀、表面脓性分泌物，粘膜下有白细胞浸润，有些则形成细小脓肿。一个或多个肾乳头部可见大小不一，伸向皮质楔形炎症病灶，楔形的尖顶指向肾乳头。病灶内的肾小管腔中有脓性分泌物，肾小管的上皮细胞肿胀、坏死、脱落，间质内有多数白细胞浸润和小脓肿形成。炎症剧烈时，可发生广泛性出血，肾小球一般无形态改变，但其周围常有不同程度的白细胞浸润。这些炎症病灶，小的可完全痊愈，但较大的病灶愈合后会留下疤痕。
慢性肾盂肾炎的病理改变，除上述肾盂。肾盏粘膜和肾实质的炎症外，尚有肾盂、肾盏粘膜和乳头部的疤痕形成，以及因疤痕收缩而造成的肾盂肾盏变形，狭窄，在肾实质内有明显的纤维增生，镜下见肾小管上皮萎缩、退化、管腔内有渗出物，肾小球周围亦有不同程度的纤维增生和白细胞浸润。随着炎症的发展与肾实质损害的加重，纤维不断增生，肾脏体积逐渐缩小，变硬、表面凹凸不平、肾包膜不能剥离，最后成为“肾盂肾炎固缩肾”。
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