萎缩性鼻炎的病因有原发性和继发性之分。
原发性病因目前仍不十分清楚。传统的观点认为，本病的发生与内分泌紊乱、植物神经失调、细菌(臭鼻杆菌、类白喉杆菌等)感染、营养不良(维生素A、B2、D、E缺乏)、遗传因素、血中胆固醇含量偏低等因素有关。
近年来发现本病与微量元素缺乏或不平衡有关。免疫学研究则发现本病患者大多有免疫功能紊乱，如患者血清中有对鼻粘膜抗原而形成的高效价沉淀素和凝集素等自身抗体，玫瑰花结试验表明T淋巴细胞减少，组织化学研究发现鼻粘膜乳酸脱氢酶含量降低等，故又提出本病可能是一种自身免疫性疾病。
继发性病因明确，包括：慢性鼻炎、慢性鼻窦炎脓性分泌物的长期刺激；高浓度有害粉尘、气体的长期刺激；多次或不适当鼻腔手术所致的鼻粘膜广泛损伤；特殊传染病如结核、梅毒和麻风对鼻粘膜的损害。
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