在流行地区从事高危职业者及接触鼠疫杆菌的实验室工作人员应考虑使用甲醛灭活的全菌菌苗，每6个月重复接种一次。短期进入疫区的旅游者可服用四环素或复方SMZ预防。拟诊为肺鼠疫者，应进行呼吸道隔离，而腺鼠疫只需认真洗手预防。与肺鼠疫患者接触者，可服用四环素250mg，每日4次。有呼吸道症状或发热者，应接受医疗观察。
森林啮齿动物的鼠疫可传播至城市鼠类，构成长期威胁。预防取决于控制城市老鼠数量和处理其排泄物以及监测野生动物及其捕食者。避免接触病兽及其尸体，并使用蚤类驱避剂。目前，尚无消灭野生动物鼠疫的可行措施。在流行地区，减少居住环境里啮齿动物的栖息地是重要的。在用药物毒杀家庭周围的啮齿动物之前，应先控制昆虫，以防动物身上的蚤类转而来叮咬人或家畜。
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