鼠型斑疹伤寒的病原为莫氏立克次体，其形态、染色和对热、消毒剂的抵抗力与普氏立克次体相似，但很少呈长链排列。两者各含3/4种特异性颗粒性抗原，和1/4组特异性可溶性抗原；后者耐热，为两者所共有，故可产生交叉反应。不耐热的颗粒性抗原则各具特异性，可藉补结试验而相互区别。莫氏立克次体所致的豚鼠阴囊反应远较普氏立克次体所致者为明显，对小鼠和大鼠的致病性也较强。病原体接种于小鼠腹腔后可引起腹膜炎、立克次体血症，并在各脏器内查见病原体。其发病机理与流行性斑疹伤寒者基本相似，但血管病变较轻，小血管中有血栓形成者少见。
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