鼠型斑疹伤寒的潜伏期6～14日，平均12日。体征及临床经过与流行性斑疹伤寒相似，但病情轻、病程短。发热为稽留热或弛张热型，体温一般为38～40℃，持续6～14日，最短4日，最长25日。皮疹少，多为充血性，约1/4～1/3病例可无皮疹，1/2～2/3的病例有脾肿大。神经系统症状较轻，大多仅有头晕、头痛、部分可有失眠、听力减退等。但烦躁不安、谵妄或昏睡、昏迷等少见。可有心动过缓或轻度低压血压。
大多急骤起病，少数有1～2天的前驱症状如疲乏、纳差、头痛等。呈稽留或弛张热，于病程第1周达高峰，一般在39℃左右，伴全身酸痛、显着头痛、结膜充血等，部分病例有关节痛而影响行动，头痛常可由眶后痛所致。热程一般为9～14天，大多渐退。
约50%～80%患者出现皮疹，多见于第4～7病日。初发生于胸腹，24h内遍布背、肩、臂、腿等处，脸、颈、足底、手掌一般无疹。开始为斑疹，粉红色，直径1～4mm，按之即退；继成斑丘疹，色暗红，按之不即消失。疹于数日内消退。极少数病例的皮疹呈出血性。
中枢神经系症状除头痛、头晕、失眠、听力减退、烦躁不安等外，脑膜刺激征、谵妄、昏迷、大小便失禁等均属偶见。咳嗽见于过半数病例，肺底偶闻罗音，部分患者诉咽痛和胸痛。大多有便秘，恶心、呕吐、腹痛等也有所见。黄疸在某些系列中的发生率较高，但均属轻度；脾肿大见于过半数病例，肝肿大者较少。心肌很少受累，偶可出现心动过缓。并发症以支气管炎最多见，支气管肺炎偶有发生。其他并发症有肾功能衰竭。
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