先天性弓形体病需与巨细胞病毒感染、疱疹和风疹等其它感染所引起的脑病相鉴别。曾发现巨细胞病毒感染和风疹与脑积水、小头畸形和啮钙化有关。小头畸形在巨细胞病毒感染比在弓形体病还多见。其他先天性畸形在先天性弓形体病并不常见。在弓形体脑病，脑室脑脊液蛋白含量常高于巨细胞病毒感染者。疱疹，巨细咆病毒感染和风疹都可引起视网膜脉络膜炎。弓形体性视网膜脉络膜炎需根据视网膜损害表现和免疫学检查结果与上述病毒、结核病、梅毒、钩端螺旋体病、布氏菌病、组织胞浆菌病和类肉瘤病等可引起的眼病相区别。本病引起的脑膜脑炎与细菌或霉菌所引起的脑膜脑炎可应用直接检查病原体、培养病原体和免疫学方法等来帮助鉴别。
获得性弓形体病有淋巴结肿大者需与传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染和淋巴瘤相鉴别；也需与结核病、布氏菌病、野兔热、猫抓热和一些全身性的病毒或立克次体感染相鉴别。本病与传染性单核细胞增多症的鉴别为本病的病程较后者为长，在本病看不到很多异常淋巴细胞，无嗜异性凝集抗体，血清转氨酶多正常或接近正常。与淋巴瘤的鉴别为在本病多无明显贫血，无肺门淋巴结肿大，淋巴结活检看不到肿瘤细胞。
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