典型的阿米巴肝脓肿表现为持续高热，右上腹和右侧胸部疼痛、全身消耗、肝脏肿大、肝脏压痛、白细胞增高等，结合B超、CT检查一般不难诊断。肝穿刺抽出巧克力样并具有腥臭味脓液、镜检发现阿米巴滋养体等均可确诊。造成误诊的原因主要有以下几种。
随着社会的发展和进步，人们的环境卫生、饮食、饮水和个人卫生不断得到改善，阿米巴肝脓肿的发病率显著降低，不少年轻医生没见过阿米巴肝脓肿，对其认识不够，警惕性不高。
临床询问病史不详细，不重视流行病学及阿米巴痢疾病史的调查，忽视了肝脓肿和肠病之间的内在联系。
阿米巴肝脓肿早期症状不典型，随着时间延长，直到脓肿形成才出现典型的症状和体征，且肝脓肿形成后又易引起并发症，特别是以并发症为突出表现的患者，常掩盖肝脓肿的典型表现。如果医生思路不开阔，对临床资料未进行仔细全面地分析和推理，就极易造成误诊或漏诊。
对影像学检查的结果过于依赖。当肝脓肿未液化时，B超和CT等影像学检查极易将其误认为肝实质性占位病变。
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