阿米巴肝脓肿的症状发热多见，有时甚至以发热为首发症状，成为发热待查中的重要疾病之一。发热时体温多在39℃以下，有时可为低热，但也有高达40℃者，发热时大多清晨较低、午后较高，常夜间热退，伴以大汗。发热多为持续性，也可为间歇性者。发肝区痛：为本病重要而较早出现的症状，具有重要的诊断价值。疼痛性质和程度不一，与脓肿距肝包膜之远近、脓肿发展之急缓以及患者的痛阈有关。疼痛和脓肿大小无平行关系，有的脓肿虽然很大，但发展缓慢，离肝包膜较远时疼痛可不明显；反之，有的仅为小脓肿，但位居表面、进展迅速而对肝包膜侵袭明显，则致剧痛而夜不能寐。疼痛性质不一，或钝痛、或胀痛、或刺痛，有时可仅为胀感或肝区沉重感。在1078例患者中，肝区痛者占89.2%，疼痛多局限于肝区局部，但也可因影响膈肌使膈神经受刺激后反射性地放射至其他部位，如膈边缘受累，疼痛可向上腹部或右下胸部、背部放射；如膈肌中央受累，可向右肩放射；如脓肿居肝左叶，则可发生中上腹或/和左上腹痛，此时如脓肿刺激左侧膈肌，可通过第四颈神经而反射性地放射至左肩部。
可有乏力、恶心、呕吐、食欲不振等，10%~20%患者既往或患病时有腹泻，伴胸膜、肺合并症者可有咳嗽。
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