普氏立克次体侵入人体后，先在小血管内皮细胞内繁殖，并引起血管病变，病原体释放入血形成立克次体血症，侵袭全身小血管内皮细胞，病变多见于皮肤、心肌、中枢神经系统。立克次体不产生外毒素，死亡释放少量的内毒素。病程第2周产生变态反应，使血管病变进一步加重。立克次体偶可长期潜伏于单棱巨噬细胞内，当机体免疫力降低时引起复发，称为复发性斑疹伤寒，亦称为Brill-Zinsser病。潜伏期5～21天，平均10～14天。常急性发病，少数患者有头痛、头晕、畏寒、乏力等前驱症状。
侵袭期多急起寒战、高热，稽留热型，伴严重全身毒血症症状等。患者面颊、颈、上胸部皮肤潮红，球结膜高度充血，似“酒醉貌”。肺部可有湿性啰音。
发疹期，约在病程第4～6天稽留热时出现皮疹。先见于躯干、很快波及全身，但面部无皮疹，下肢较少。皮疹初起常为充血性斑疹或丘疹、压之褪色，继之转为暗红色或出血性斑丘疹，压之不褪色，持续一周左右消退。退后留有棕褐色色素沉着。此时全身症状加重，体温持续升高可达40～41℃，伴有神经精神症状加重，甚至昏迷或精神错乱。亦可有脑膜刺激征，脑脊液压力增高。部分患者有中毒性心肌炎，严重者可出现休克。多数患者脾肿大。
恢复期病程第13～14天开始热退，3～4天恢复正常。整个病程2～3周。
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