病原菌数量大分泌毒力强大的内、外毒素、酶和致病因子，侵袭性强，以及侵入门户血循环充沛，都有利于败血症的发生。致病菌的种类，随着病儿年龄的增长和药物的发展而不断改变。以往小儿败血症的病原菌，除新生儿期可能为大肠杆菌外，较多见的是链球菌，葡萄球菌及肺炎球菌，其次是脑膜炎球菌与流感杆菌；伤寒及副伤寒、绿脓杆菌等则很少见。自从临床广泛应用抗生素以来，A组β溶血性链球菌及肺炎球菌败血症已明显减少。葡萄球菌则因其耐药菌株增多而更易导致败血症。目前，金黄色葡萄球菌及凝固酶阴性表皮葡萄球菌常为败血症的主要致病菌。但是，革兰氏阴性细菌（以大肠杆菌为主）败血症的发病率又有超过金黄色葡萄球菌败血症的趋向，绿脓杆菌、肺炎杆菌及产气杆菌、沙雷氏菌、变形杆菌等致病力低的细菌败血症也可发生。B组β溶血性链球菌已成为新生儿败血症常见的致病菌。四联球菌在新生儿、婴幼儿败血症中也有报告。厌氧菌中以脆弱类杆菌多见。多细菌感染亦有发生。
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