人体感染梨形鞭毛虫后，无临床症状者称带虫者。本病主要症状是腹痛、腹泻、腹胀、呕吐、发热和厌食等，典型病人表现为以腹泻为主的吸收不良综合征，腹泻呈水样粪便，量大、恶息、无脓血。儿童患者可由于腹泻，引起贫血等营养不良，导致生长滞缓。若不及时治疗，多发展为慢性，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，病程可长达数年。
梨形鞭毛虫病的全身性症状
1、神经症状：如失眠、头痛、乏力、眩晕、眼发黑、出汗、神经兴奋性增强、肌腱反射亢进等较为常见。
2、甲状腺机能失调：曾有人发现部分（15.5%）蓝氏贾第鞭毛虫病患者的甲状腺机能有改变，其中以甲状腺机能亢进占大多数，基础代谢增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也会产生甲状腺机能亢进的症状。
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