梨形鞭毛虫流行遍布全世界，以热带和亚热带为最多，也是我国人体常见的寄生原虫。由于调查的时间和采用的检查方法不同，所得的感染率有所差别。根据最近的资料，北京和甘肃，粪检结果为2.7%，而用ELISA法则为12.8%。浙江乐清县粪检为2.5%，辽宁朝阳市农民粪检为6.1%，沈阳为12.5%。世界感染率1～30%。多数散在发病，在特殊情况下也可引起暴发流行。前苏闻感染率较高，如英、美等许多国家因旅游前苏联而感染。
人是主要的传染源，尤其携带包囊者，往往一人带包囊全家感染，国内外均有记载。包囊是传播的主要环节，人因吞食被包囊污染的水和食物而感染。包囊在外界抵抗力较强，从冷冻蚀刻复形法的透射电镜观察，将包囊壁劈开，显示囊壁内千余层板状膜结构所组成，表明包囊在外界具有很强的自身保护作用。包囊在潮湿的粪便里能存活3周，在水里能存活5周，在经氯化消毒后的水里也可活2～3天，但在50℃或干燥环境中很容易死亡。包囊在苍蝇消化道可活24小时，在蟑螂消化道内经12天仍有活力。由于粪便中包囊的数量大，在外界环境中抵抗力强，感染方式简单，故本虫流行分布广泛。有人报告，在美国发现水獭可带包囊，并发现牛、马、羊、狼和犬等也有此虫，在流行病学上可能有一定的意义，应予以重视。
贾第虫是通过“粪-口”感染的，一般认为与以下因素有关：
1.水源污染：贾第虫包囊对外界环境有较强的抵抗力，一些常用的消毒剂在标准浓度下对包囊并无杀灭作用，臭氧和卤素对包囊虽有轻度杀伤力，但为消毒而溶于自来水的绿气浓度达不到杀死包囊的目的。所以生饮自来水是不可靠的。水源的污染主要来自人、动物的粪便和污水，自来水管因日久失修造成的与污水管相互沟通，或因管壁渗漏将污水吸入管内也是造成包囊污染的原因。
2.不正常的性行为：这种传播方式已越来越引起人们重视。同性恋者的肛交方式，常导致包囊的间接“粪-口”感染。
3.食物污染：食物的污染主要来自食物的加工者或管理者中，有人是贾第虫的携带者。此外，在儿童中间相互分享贾第虫污染的食物或水果。
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