食管癌的鉴别诊断，除病史、症状和体征外，在很大程度上有赖于X线和内窥镜检查，而最后的诊断需要经病理组织学诊断证实。食管癌需与以下疾病相鉴别：
1.食管外压性改变：是指食管邻近器官的异常所致的压迫和吞咽困难。较常见的有大血管畸形、纵隔肿瘤、肺门及纵隔淋巴结肿大或钙化、胸内甲状腺肿大、老年人主动脉弓屈曲延长等。病人虽有吞咽梗阻感，但食管粘膜完好，另外这些食管外因素所引起的吞咽困难的程度较轻微，且病期较长。
2.食管功能异常：如神经性吞咽困难（重症肌无力、延髓及假延髓病变等），虽可出现程度不同的吞咽困难，但往往具有全身症状或其他特有的征象。贲门失迟缓症。为食管贲门括约肌不能正常舒张所致，病人进食时，食物下咽发生停滞，不能通过贲门进入胃内，出现食物下咽不利，胸骨后发闷并有阻塞感或进食后有异物粘附感，甚或吞咽困难与食物返流。但这些症状往往交替出现，时轻时重，病程很长，与精神紧张有一定的关系，病人的营养状况较佳，平均年龄也较轻。X线检查可见钡剂通过缓慢，食物蠕动减弱或消失，粘膜光滑，贲门部呈“鸟嘴样”狭窄，细胞学检查阴性。
3.食管炎：主要由于外伤或病菌感染引起。当食管发炎时食管壁充血和水肿。粘膜可出现坏死、糜烂、甚至出现溃疡。病人主诉咽下不适，咽食时出现疼痛或哽噎，咽下热食或刺激性食物时，疼痛可能加重。这些症状与早期食管癌极为相似。但不同的是，常无典型的吞咽困难症状，食物下咽不受限制，用汤水伴送食物时症状不减轻，也无呕吐或食物返流症状。X线表现显示局限性粘膜中断、增粗、食管官腔易激惹，甚至出现大小不等龛影或充盈缺损。短期性复查这种表现会发生变化。食管细胞学检查，图片中炎性细胞较多，无肿瘤细胞。
4.食管结核：它是特异性炎症的一种，临床上罕见。病变轻者可无症状，如呈增殖性变或形成结核瘤，则可导致不同程度的阻塞感或吞咽困难，甚至疼痛。病程进展缓慢，青壮年患者较多，有结合病史。X线显示食管官腔狭窄溃疡、食管轮廓不规则。食管结核诊断最后有赖于食管细胞学检查或食管镜检查而确定。抗痨治疗有效是鉴别诊断的方法之一。
食管癌的鉴别诊断，对于临床治疗是非常重要的，只有准确的诊断，才能有针对的治疗，少走弯路，以达到最好的疗效。
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