得了原发性肝癌常需与继发性肝癌、肝硬化、活动性肝病、肝脓肿等鉴别。
1、继发性肝癌原发于胃肠道、呼吸道、泌尿生殖道、乳房等处的癌灶常转移至肝。这类继发性肝癌与原发性肝癌比较，病情发展较缓慢，症状较轻，AFP检测除少数原发癌在消化道的病例可呈阳性外，一般为阴性，少数继发性肝癌很难与原发者鉴别，确诊的关键在于病理检查和找到肝外原发癌的证据。
2、肝硬化原发性肝癌多发生在肝硬化的基础上，二者的鉴别常有困难。若肝硬化病例有明显的肝大、质硬的大结节，或肝萎缩变形而影像检查又发现占位性病变，则肝癌的可能性很大，反复检测AFP或AFP异质体，密切随访病情，最终能作出正确诊断。
3、活动性肝病（急性肝炎、慢性肝炎）肝病活动时血清AFP往往呈短期升高，提示肝癌的可能性，定期多次随访测定血清AFP和ALT或者联合检查AFP异质体及其他肝癌标志物并进行分析，如：
①ALT持续增高至正常的数倍，AFP和ALT动态曲线平行或同步升高则活动性肝病的可能性大；
②二者曲线分离，AFP升高而ALT正常或由高降低，则应多考虑原发性肝癌。
4、肝脓肿一般有明显炎症的临床表现，如发热。肿大的肝表面平滑无结节，触痛明显。邻近脓肿的胸膜壁常有水肿，右上腹肌紧张。白细胞计数升高。超声检查可探得肝内液性暗区。但当脓液稠厚，尚未形成液性暗区时，诊断颇为困难，应反复做超声检查，必要时在超声引导下作诊断性穿刺，亦可用抗感染药物行试验性治疗。
5、邻近肝区的肝外肿瘤腹膜后的软组织肿瘤，来自肾、肾上腺、胰腺、结肠等处的肿瘤也可在上腹部呈现腹块，造成混淆。超声检查有助于区别肿块的部位和性质，AFP检测应为阴性，鉴别困难时，需剖腹探查方能确诊。
6、肝非癌性占位性病变肝血管瘤、多囊肝、包虫病等局灶性结节增生，炎性假瘤等肝良性占位性病变等可用CT、MRI和彩色多普勒超声检查帮助诊断，有时需剖腹探查才能确定。
7、肝脏血管瘤：肝海绵状血管瘤是最常见需与AFP阴性肝癌鉴别的疾病。肝海绵状血管瘤一般无症状，肝脏质软，无肝病背景。直径<2cm的血管瘤在超声检查时呈高回声，而小肝癌多呈低回声。直径>2cm的血管瘤应作CT增强扫描。如见造影剂从病灶周边向中心填充并滞留者，可诊断为血管瘤。MRI对血管瘤灵敏度很高，有其特征性表现。在T1加权图像中表现为低或等信号，T2加权则为均匀的高亮信号，即所谓的“亮灯征”。
肝脏血管瘤表现特点：①病程长，进展缓慢。②常无慢性肝病史。③一般情况良好。④女性较多见。⑤99mTc-RBC核素扫描呈“热”区。⑥影像学检查无包膜，注入造影剂后自周边开始增强。⑦肝功能及酶谱学检查正常。
8、其他肝脏良性肿瘤或病变如血管瘤、肝囊肿、肝包虫病、胆吓癌、胆管癌、结肠肝曲癌、胃癌、胰腺癌及腹膜后肿瘤等易与原发性肝癌相混淆。除甲胎蛋白多为阴性可助区别外，病史、临床表现不同，特别超声、CTMRI等影像学检查、胃肠道X线检查等均可作出鉴别诊断。目前与小肝癌相混淆的肝脏良性病变如腺瘤样增生、肝硬化再生结节、局灶性结节性增生等鉴别尚有一定困难，定期随访必要时作实时超声引导下穿刺活检可助诊断。不能排除恶性肿瘤时为不失早期根治机会必要时亦可考虑剖腹探查。
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