NPC绝大多数起源于被覆上皮，少数来源于腺体上皮。95％以上是鳞形细胞癌，按分化程度分为好、中和差，即高分化鳞癌、低分化鳞癌、未分化鳞癌，分比差的占85％以上。未分比癌是指分化程度极低的癌，常须与恶性淋巴瘤鉴别。尚有少数是腺癌、囊腺癌、粘液表皮样癌或恶性混合瘤等。
NPC的形态一般分为四种类型：
①给节型：肿瘤呈结节状或肿块状，是最常见的类型。
②菜花型；肿瘤呈菜花状，血管丰富而易出血。
③溃疡型；肿瘤边缘隆起、中央常坏死。
④粘膜下浸润型；肿瘤向腔内突起，但表面常有正常的粘膜组织覆盖。
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