鼻咽癌的发病原因至今尚不十分清楚，可能与遗传、病毒、和环境等因素有密切关系。
㈠遗传因素：鼻咽癌的发病有明显的地区性，有明显的种族和家族聚集性。鼻咽癌好发于黄种人，很少见白种人患有此病。鼻咽癌发病高的家族如迁居海外，其后裔仍保持高发病率的倾向。鼻咽癌病人常有明显家族史。这些现象说明遗传背景在本病发生中起着一定的作用。
㈡病毒因素：我国90%以上的人在年幼时都已感染过EB病毒，EB病毒的感染是十分普遍的。而鼻咽癌的发生具有明显的地区性，因此不能认为EB病毒的感染就是鼻咽癌的病因。但是在大量研究中又发现EB病毒与鼻咽癌的关系十分密切。
⑴对鼻咽癌病人的血清用免疫酶法检测抗EB病毒壳抗原的免疫球蛋白A（VCAIgA）,发现其抗体阳性率为90.9%，而其他肿瘤，包括头颈部癌，其抗体阳性率仅为3.5%，正常人的抗体阳性率是0.6%。同时，VCAIgA的抗体滴度可随病情的康复而逐渐下降。反之，当病情复发或恶化时则抗体滴度又明显升高。此外，不论高发区或低发区内的鼻咽癌病人，其EB病毒核抗原（EBNA）100%为阳性，而其他头颈部癌全部阴性。
⑵通过多聚酶链反应（PCR）技术进行扩增检测，证实鼻咽癌细胞内存在有EB病毒的的片断（DNA和BamHIW片段），而在正常鼻咽部组织中则不存在这一片段。
⑶在体外，用含有EB病毒的细胞株感染鼻咽上皮细胞后，受感染的上皮生长加快，核分裂相亦多见。在鼻咽癌组织中，EB病毒不只是处于潜伏状态，而且有病毒的复制。
尽管如此，EB病毒是不是鼻咽癌的病因，尚没有肯定下来。进一步的研究工作在进行之中。
㈢环境因素：高发区居民嗜食当地的咸鱼、腌肉、腌菜，在这些食品中亚硝酸盐的含量特高并含有一定量的亚硝胺及其多种化合物。其中的二亚硝基哌嗪（DNP）已被证实可诱发小鼠鼻咽粘膜上皮不典型增生、原位癌、浸润癌，诱发率高达40%。说明亚硝胺及其化合物与鼻咽癌发病关系密切。
调查发现广东省鼻咽癌高发区的土壤、水、大米中镍含量高于其他地区，鼻咽癌患者的头发中镍含量亦高。高镍含量饮食可能成为鼻咽癌发病的促进因素。研究证实，高镍可促进亚硝胺诱发实验动物鼻咽癌。鼻咽癌的高发区居民也存在低硒现象。
鼻咽癌的发病和其他恶性肿瘤一样，可能是多种因素对易感人群的综合作用的结果。
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