第四十一条：国家采取措施，加强对中医药基础理论和辨证论治方法，常见病、多发病、慢性病和重大疑难疾病、重大传染病的中医药防治，以及其他对中医药理论和实践发展有重大促进作用的项目的科学研究。
【释义】本条是关于中医药重点研究领域的规定。
本条规定可以从两个方面理解：
第一，加强对中医药基础理论和辨证论治方法的科学研究。中医药理论是中华民族在几千年生产生活实践和与疾病做斗争中逐步形成并不断丰富发展的，对人与自然、人体生命活动、健康与疾病规律性认识的医学知识体系，是中医养生保健、防病治病和产业研发的指导思想和实践指南，是中医药学的基础与核心。加强中医药理论传承创新研究，对于促进中医药理论实践应用，发挥中医药原创优势，提高我国科技自主创新能力，保障中医药学术和事业健康发展，加快建设创新型国家，促进健康中国建设具有重要意义。要传承创新中医药理论内涵，丰富和发展中医药理论体系，提高中医药理论水平和防病治病能力，有效指导临床和产业实践。
辨证论治是中医学诊治疾病的基本理论。辨证是根据中医理论对四诊（望、闻、问、切）所得的资料进行综合分析，明确病变本质并确立为何种证的思维和实践过程。由于证是疾病过程中某一阶段或某一类型的病理概括，只能反映疾病某一阶段和某一类型的病变本质，故中医学在辨证时，要求同时辨明疾病的病因、病位、病性及其发展变化趋向，即辨明疾病从发生到转归的总体病机。论治又称施治，是根据辨证的结果确立相应的治疗原则、方法及方药，选择适当的治疗手段和措施来处理疾病的思维和实践过程。
中医药科研要立足发展中医药理论，提高临床疗效，中医药理论研究必须要与临床研究相结合，而辨证论治是中医临床的精髓，是中医临床治疗的重要方法。2006年，国务院发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》对中医药传承与创新发展提出了“重点开展中医基础理论创新研究”的要求。2016年《中医药发展战略规划纲要（2016-2020）》提出：“运用现代科学技术和传统中医药研究方法，深化中医基础理论、辨证论治方法研究，建立概念明确、结构合理的理论框架体系。并提出加强防病治病技术研究，加强对重大疑难疾病、重大传染病防治的联合攻关和对常见病、多发病、慢性病的中医药防治研究，形成一批防治重大疾病和治未病的重大产品和技术成果”。2016年国家中医药管理局发布了《关于加强中医理论传承创新的若干意见》，从加强中医药古籍文献整理研究、加强中医理论传承研究、加强中医理论实践创新、加强中医理论内涵诠释、加强中医理论重点领域研究以及加强中医理论传承创新方法探索等方面，提出了中医理论传承创新的重点任务。
第二，加强对常见病、多发病、慢性病和重大疑难疾病、重大传染病的中医药防治研究。疗效是中医药的生命。中医药之所以历经千年而不衰，至今仍显示着强大的生命力，最根本的原因就在于它具有经得起实践检验的临床疗效，能够为广大人民群众防治疾病，提供医疗保健服务。
多年来，在对常见病、多发病、慢性病和重大疑难疾病、重大传染病的防治上，中医药和中西医结合取得了显着的疗效，中医药在预防与治疗常见病、多发病和疑难病等方面具有独特的理论和鲜明的特点。中医药治疗传染性非典型肺炎，疗效得到世界卫生组织肯定。中医药治疗甲型H1N1流感，拥有确切的疗效证据，成果引起国际社会关注。同时，中医药在防治艾滋病、传染性肝炎、手足口病、人感染H7N9禽流感等重大传染病和新突发传染病防治中，科研和临床同步，不仅促进了中医药的参与和协同，而且提供了安全有效的循证证据。在四川汶川特大地震、甘肃舟曲特大泥石流等突发公共事件医疗救治中，也发挥了独特作用。
2009年《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》明确提出：“加强重大疾病的联合攻关和常见病、多发病、慢性病的中医药防治研究”。2016年《中医药发展战略规划纲要（2016-2030年）》明确规定：“加强对重大疑难疾病、重大传染病防治的联合攻关和对常见病、多发病、慢性病的中医药防治研究，形成一批防治重大疾病和治未病的重大产品和技术成果。综合运用现代科技手段，开发一批基于中医理论的诊疗仪器与设备。探索适合中药特点的新药开发新模式，推动重大新药创制。鼓励基于经典名方、医疗机构中药制剂等的中药新药研发。针对疾病新的药物靶标，在中药资源中寻找新的候选药物”。
此外，其他对中医药理论和实践发展有重大促进作用的项目，也是中医药科学研究需要重点加强的领域。
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