黑龙江中医药大学始建于1954年，初名黑龙江省中医进修学校，后几易其名，1959年定名为黑龙江中医学院，1996年经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学。经半个多世纪的建设与发展，学校已成为具有较高教学、科研、医疗水平，在国内外有一定影响的高等中医药院校，现为黑龙江省重点建设的高水平大学。学校于2004年全国首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论，2007年全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位，2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位，2009年晋升全国精神文明建设工作先进单位。
黑龙江中医药大学地处风光秀丽的北国名城哈尔滨市，校园环境优雅，绿树成荫， 建筑中西合璧，风格独特，教学主楼和礼堂为典雅的欧式建筑，属国家二类保护建筑；校园内21尊古代著名中医药学家雕像以及“经方小道”等，形成了独具特色的中医药文化园——“大医之路”。
黑龙江中医药大学下设9个学院、7个附属医院（5个非直属）、1个研究院、16个教学医院和69个实习医院、实习基地。有17个学科具有博士学位授予权，28个学科具有硕士学位授予权。设有18个本科专业及13个专业方向，涵盖医、理、文、工、管、法等多个学科门类。现有全日制在校生13758人，其中博士研究生217人，硕士研究生1118人，七年制学生1155人，本科生7729人，专科生3554人，留学生392人。
黑龙江中医药大学设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，是国家首批第二类特色专业（中医学）建设点和国家第一类特色专业 (中药学、 药物制剂和针灸推拿学)建设点，是国家首批中药类人才培养模式创新实验区。有国家级重点学科4个（其中国家重点培育学科１个）、国家中医药管理局重点学科4个、省级重点学科18个；有国家级精品课程7门，省级精品课程18门，校级精品课程52门。学校为国务院学位委员会批准的临床医学博士、硕士专业学位教育试点院校，国家药品临床研究基地，“长江学者奖励计划”设置特聘教授岗位的高等院校之一。学校教学实验中心首批确定为国家级实验教学示范中心。“十五”以来，获国家教学成果一等奖1项、二等奖4项、省级教学成果奖19项。学校获全国首届优秀高等教育研究机构。
黑龙江中医药大学现有省部共建教育部重点实验室1个， 国家中医药管理局重点研究室3 个，国家中医药管理局三级实验室4个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江工程技术中心1个，黑龙江中医药国际科技合作基地1个。“十五”以来，获得各级各类科研课题立项1164项，其中国家“973”项目3项、“863”项目1项；获得各级各类奖励358项，其中国家科技进步二等奖6项、中华中医药科技进步一等奖1项、黑龙江省科技进步一等奖4项。在中药血清药物化学研究、 中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规 律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、 妇科、 肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。2008年，学校培养的博士撰写的论文获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”，成为全国第三个获此殊荣的中医药大学。
黑龙江中医药大学附属第一医院（临床医学院）为国家中医临床研究基地建设单位、国家三级甲等医院、全国示范中医医院。学校附属第二医院（针灸推拿学院）是以针灸推拿康复为特色的三级甲等医院，为全国首批现代化中医院建设单位。两附院有国家级医疗中心和重点专科5个、省级医疗中心和重点专科6个。
黑龙江中医药大学现有教职工2449人（校本部1093人）。其中教授、副教授及相应职称人员685名，博士研究生导师86人，硕士研究生导师221人，有38位专家享受政府特殊津贴，卫生部有突出贡献中青年专家3名，百千万人才工程国家级人选4人，国家级
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