2000年以来，云南中医学院承担科研项目302项。其中，国家级项目13项，省部级项目43项；获得省部级以上等成果奖22项。《云南中医学院学报》是中国科技核心期刊， 荣获首届中国高校科技期刊特色奖，在全国高校优秀科技期刊评比中荣获优秀编辑出版质量奖。2005年，云南中医学院主办了首届傣医药国际学术会议。2006年，云南中医学院承办了主题为“21世纪天然药研究新思路”的中国科协第131次青年科学家论坛。2008年，云南中医学院主办了主题为“加强研究生教育交流与合作、深化研究生教育创新”的第四届“泛珠三角区域（9+2）高等中医药院校合作发展联席会”。2008年11月，主办了主题为“加强研究生教育交流与合作、深化研究生教育创新”的第四届“泛珠三角区域（9+2）高等中医药院校合作发展联席会”。2008年12月，云南中医学院受邀加入由美国耶鲁大学郑永齐教授领衔的中药全球化联盟。
云南中医学院具有接收外国留学生学历教育资格和港澳台学生学历教育资格，是我省第一家在境外开展专业教育的高校。招收美国、澳大利亚、日本、泰国、越南等10余个国家和港澳台地区学生。与西班牙、澳大利亚、泰国、越南等国家和地区的25所大学、医疗和科研机构建立了合作关系，开展教学、医疗和科研的交流与合作。
云南中医学院将继续秉承“崇德和合、博学敦行”的校训，凝全院之心，聚全院之智，举全院之力，统一思想，齐心协力，以“立足边疆，面向基层，培养适应多民族地区需要的中医药人才”为办学特色，全面建设开放文明和谐校园；以优良的校园文化为载体，形成热爱中医中药，热爱学校，尊师爱生，奋发向上的良好校风，不断提高人才培养质量，为保障边疆各族人民的生命健康，为建设富裕民主文明开放和谐的民族文化强省做出应有的贡献。
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