南京中医药大学学风浓郁，近三年毕业生大学英语四级考试通过率持续超过 80%，六级考试通过率达到30%左右，医学类毕业综合测定（含毕业论文）成绩优良率超过80%，非医类学生毕业设计(论文)成绩优良率超过75%。在“挑战杯”、“创业计划大赛”等各类竞赛中屡获佳绩。就业形势稳步发展，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。
南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。 1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作举办中医学学历教育之先河。目前南京中医药大学与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。南京中医药大学每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在南京中医药大学设立了奖、助学金，资助中医药高等教育。香港念慈庵奖教金及美国施祖谷奖教金也先后在南京中医药大学建立。南京中医药大学同时也是世界卫生组织（ WHO）传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。
经过“十五”期间的建设与发展，南京中医药大学办学结构和办学规模取得了阶段性重大进展，办学活力显著增强，综合办学实力明显提升。面向“十一五”，南京中医药大学将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使南京中医药大学成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。
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