“十三五”以来，云南省中医药系统认真贯彻落实国家卫生事业和中医药发展“十三五”规划，将中医药工作纳入本省规划纲要，积极推进中医医疗服务体系、服务能力建设、人才队伍建设等各项工作，基本完成“十三五”规划总体目标。
“十三五”期间，云南省大力发展中医药医疗服务，完善中医药服务体系，实现州市三级中医（民族医）医院全覆盖，41所县级中医医院纳入标准化建设项目，总投资16.36亿元。备案中医诊所307所，全省民办中医医疗机构突破1400个。全面提升中医药医疗服务质量，建设10个省级中医临床重点学科、7个病种中西医协同协作试点基地、2个中医康复服务能力规范化等一批项目建设。2016~2020年，投入中央、省级资金9283万元，支持1170个社区卫生服务中心（乡镇卫生院）、7360个村卫生室中医科中药房建设，提升县、乡、村三级医疗机构中医药服务能力，中医总诊疗量达到2000万人次。
此外，云南省加快发展中医养生保健服务，全省二级以上中医医院均建立治未病科，86.45%村卫生室能提供中医健康干预服务。基本公卫中医药健康服务质量明显提升，服务范围和人群不断拓展，各地严格按照服务规范和技术规范为 65 岁以上老年人、0-3岁儿童分别提供中医体质辨识、中医调养及健康指导服务。
在推进中医药继承创新方面，云南省实施中医药传承工程，系统整理发掘傣医药、彝医药古籍精华，研究学术理论、流派及学说，编纂《中华医藏》。在加强人才队伍建设方面，云南省政府与国家中医药管理局签署了共建云南中医学院协议，实现了国医大师评选“零”的突破，2人入选“全国名中医”，2人获全国中医药杰出贡献奖， 5人入选云岭名医。
“十三五”期间，云南省着力推进中药保护和发展，实现中药资源普查工作129个县全覆盖。根据《中药材产业扶贫行动计划（2017-2020年）》，会同云南省工信委等4部门印发《云南省实施“定制药园”工作方案》，现已评审确定65家“定制药园”。
云南省还健全中医药管理体制，省级和13个州市建立了中医药工作协调机制，建立中医药工作联席会议制度。深化医药卫生体制改革，贯彻落实了医保对中医药服务的报销扶持政策，住院、门诊中医药服务报销比例较西医药提高5%~10%，中医医院住院起付线降低10%。
在新冠肺炎疫情联防联控工作中，云南省19家中医医院选派169名医护人员参加援助湖北医疗队，积极开展中医药救治工作。全省累计报告确诊病例204例中（含经航空境外输入性确诊病例30例），192例使用了中医药治疗，治疗率达到94.12%。
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