国务院机构改革方案发布，重点围绕转变职能和理顺职责关系、稳步推进大部门制改革。在此背景下，“如何构建有利于中医药发展的管理体制机制”引发两会代表委员热议——
政府职能交叉、政出多门、多头管理，导致行政效率低、成本高，为人诟病。新一轮国务院机构改革通过政府部门的整合和调整，改“九龙治水”为“一龙治水”。代表委员对此充分肯定，认为大部制改革也将为完善中医药管理体制机制带来机遇。
中医药管理体制不健全、管理队伍薄弱、管理职能分散等问题长期制约中医药发展，中医药行业内外的不少代表委员为之忧心。全国政协委员、中国中医科学院针灸研究所副所长杨金生指出，目前虽设立了国家中医药管理局，但是省级及其以下的管理机构并不健全，没有形成有效的管理体系，国家中医药工作方针政策在基层难以贯彻落实。
“同时，中药管理职能分散，权责脱节。”杨金声说，弊端表现为对中药产业缺乏整体的长远战略规划，部门职责交叉，相关政策不配套，协调支持不够，还存在管理漏项，如非濒危野生中药资源管理长期处于管理盲区。
全国政协委员王承德深有同感，他掰着指头数说：中药产业链从种植、养殖、加工、生产、流通，涉及管理部门十几个，包括国家发改委、工信部、科技部、商务部、农业部、卫生部、国家工商总局、国家质检总局、国家药监局、国家林业局、国家中医药管理局等。国家中医药管理局在中药管理中仅负责中药的科技研究和医疗服务。
中药资源问题将成为中医药产业发展的瓶颈，全国人大代表、江苏康缘药业董事长肖伟引证有关事实和数据说，我国大量稀缺、最优质的中药资源或提取物用于供应国际市场，但占有中药（植物药）国际市场份额却不足5%，而过度开发利用中药资源，直接或间接导致了一些珍稀物种的消失和灭绝，假冒伪劣药材屡禁不绝。“中药资源的保护正面临着很大风险。”但是，中药资源“多头管理”现象突出，缺乏统筹而有效的管理。
肖伟建议强化国家中医药管理局职能，加强中药资源的保护与可持续利用。他认为，应明确国家中医药管理局在中药资源管理与保护性开发的管理主体地位与监督职能，在国家中医药管理局设立中药资源司，将中药资源纳入国家战略资源范畴管理，加大对中药资源开发利用的财政扶持力度，并明确中药资源出口和国内使用战略。
全国政协委员、中国中医科学院望京医院教授温建民和杨金生、王承德建议，应充分发挥国家中医药局在统筹规划和领导中医药事业发展中的作用，根据事业发展的需要，调整管理职能，并明确省、地两级设立中医药管理部门，健全贯穿基层的中医药管理体系。
全国人大代表、中国社会科学院副院长李慎明认为，应通过大部制改革来推进“中西医并重”方针的落实。他在议案中提出的一个设想是，中医药（民族医药）职能机构在大部委内部与人口、现代临床医药并列层级、平行运作，并强调中西医药的医政、药政、保健和疾控等职能机构均应在各层级分别设立。
针对此次卫生部与人口和计生委合并，代表委员还对基层卫生和计生服务资源整合寄予厚望。王承德认为，可在基层逐步构建融预防、保健、医疗、康复、健康教育、计划生育指导服务为一体的社区卫生服务网络，基层中医药发展将有更大空间、更密网络，在计生服务、优生干预、围产期随访、母婴健康、儿童生长发育等方面，更好地发挥中医药特色优势。
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