11月29日，国家中医临床研究基地阶段总结交流会在上海召开。国家卫生和计划生育委员会副主任、国家中医药管理局局长王国强指出，要以基地建设为抓手，加强中医药协同创新。以基地为核心，不断完善中医药继承创新体系。进一步明确中医药继承创新体系框架，整合科技规划和资源，完善政府对基础性、战略性、前沿性科学研究和共享技术研究的支持机制；建立成果导向制度，促进高水平的多学科开放协作，从根本上解决继承创新问题。
王国强肯定了基地建设取得的阶段性成果，他指出，国家和地方都将基地建设纳入各级国民经济与社会发展规划的重点任务，使新时期举国体制推进中医药继承创新有了新抓手；推进临床科研一体化，解决临床科研结合的问题，探索创新了中医临床科研机制，使符合中医自身规律的中医临床科研有了新模式；在传承名老中医经验和民间技术的基础上，使一批重点疾病研究有了新进展；建立了国际上第一个传统医药科研伦理的标准规范和评估品牌，完善了临床研究规范和共享平台；基地建设引领和带动了医院快速发展。
王国强要求，今后要以基地建设为抓手，加强中医药协同创新。一要以基地建设为重点，不断加强政府对中医药事业发展的领导和支持；二要以基地为先导，不断坚持走自身发展道路；三要以基地为纽带，不断推动产学研的协同创新；四要以基地为核心，不断完善中医药继承创新体系；五要以基地为龙头，不断提升中医药临床科研能力；六要以基地为典范，不断深化中医药服务特色优势；七要以基地为窗口，不断增强国际协作竞争优势。
国家中医药管理局副局长王志勇在会上指出，以“三观互动”的工作理念和方法推进基地建设工作，要集中全国之力，全局之力，在投入机制和政策保障机制上，加强顶层设计和资源整合，各基地要主动纳入医疗卫生和社会经济发展的大局；要结合实际情况，制定促进临床研究的激励机制，研究促进科研医疗紧密结合的运行机制，制定基地可持续发展的长效机制；继续加强对重点病种研究的布局和支持，继续深化重点病种研究。各基地要重视机制建设、平台建设，构建能够承载重大科研任务、培养优秀团队的中医药临床科研平台，努力推进以重大疾病为核心的中医临床研究协同网络和共享大平台建设。
2008年12月，国家发展和改革委员会和国家中医药管理局共同确定了16家国家中医临床研究基地建设单位，明确了冠心病、中风病等14类疾病作为国家中医临床研究基地重点研究病种，从而正式拉开了中医临床研究基地建设的帷幕。
会议由国家中医药管理局主办，上海市卫生和计划生育委员会及上海市中医药发展办公室承办。主要议题为“总结基地建设工作阶段进展，交流基地建设经验及成果和研究部署下一阶段基地建设工作重点任务”。上海市副市长翁铁慧、中国科学院院士曾毅、上海中医药大学校长陈凯先院士及国家发改委、财政部、科技部、国家中医药管理局有关司办成员等代表共230余人参加会议。
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