6月6日，卫生部和国家中医药管理局联合向各省、自治区、直辖市卫生厅局及中医药管理局等下发《关于加强卫生信息化建设的指导意见》，将作为深化医改的重要配套文件之一。意见首次将“完善中医药信息系统建设”列为重点任务。
意见指出，中医药信息系统是卫生信息化建设的重要组成部分。今后要建设中医药电子政务管理系统，构建中医药专项、转移支付等预算管理监控平台，开展满足中医药需求的综合统计管理信息系统，实现中医药数据的实时采集、整理、汇总和分析功能。建设中医药公共信息服务系统、中医医疗服务及预防保健信息系统，继续推进基于中医电子病历的医院信息平台建设，全面提升中医医疗服务质量。继续开展国家临床研究基地信息共享与利用技术平台、科研信息平台以及基于地理信息系统的重要中药资源的网络化共享平台建设，提高中医药科技信息服务应用能力。加强中医药教育、文化、对外交流等信息化建设。开展中医药信息标准体系建设，制（修）订中医药数据元、基础数据标准等标准规范，建立和完善中医药资源数据库。
目前全国1915家县中医医院中82%建立了医院信息系统，95%建立药品管理系统，87%建立财务管理系统，76%建立护士工作站，65%建立病案统计系统，42%建立医生工作站，部分地区搭建了中医医疗服务信息平台。基本建成了中医药科技基础信息数据库、中医药科学数据管理与共享服务中心，制订了中医医院信息化建设基本规范和信息系统基本功能规范，初步建立了中医临床研究信息共享与开发技术平台。
近年来，国家出台了一系列有利于卫生和中医药信息化建设的政策和文件。国务院《关于落实<；国民经济和社会发展第十二个五年规划>；主要目标和任务分工的通知》中，明确将国家中医药管理局列入医药卫生信息化工程建设主要负责部门之一。《“十二五”国家政务信息化工程建设规划》提出完善中西医协同的公共卫生管理信息系统，首次将中医药列入国家重大信息化建设项目。
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