为加强中医药对新发、突发传染病的临床防治能力和科研能力，2010年，国家中医药管理局依托全国省级传染病医院的中医科室在全国建立了41家“中医药防控传染病研究室”。而西部省份与少数民族地区传染病医院存在中医科室人员配备不齐，硬件条件落后等问题，难以适应传染病防控和科研工作的需求。所以，国家中医药管理局特设立“西部中医药防治传染病重点研究室建设”项目，通过建立和完善西部地区传染病医院中医科室，提高其疫病防治能力和研究水平，使其在参与中医药防治疫病的开放的临床研究过程中，成为本区域中医药疫病防控工作的主要力量。
2010年6月至10月，中国中医科学院“西部中医药防治传染病重点研究室建设”项目组分别对西部地区的西藏自治区藏医院、成都市传染病医院等14家中医药防治传染病研究室进行了考察。了解了研究室基本情况、人才培养情况、防控能力建设情况以及存在问题等。
研究室初步建设完成
西部地区14家传染病医院依托中医科联合感染科、ICU等科室，于2010年2月组建了“中医药防治传染病重点研究室”。同时，制定了相关规章制度并设有专门的科研管理机构，负责管理和监督资助项目的实施，明确了组织领导成员、专家组成员以及研究室基本人员。通过西部中医药防治传染病重点研究室建设项目的实施，各个研究室根据自身情况完善了基础设施和设备，具备了临床科研的基本硬件设施。
人才队伍初具规模
目前，西部地区14个“研究室”已有研究人员250余人，初步形成了一支中医药防治传染病的专业人才队伍。一方面，各单位积极参与全国及地方针对甲型H1N1流感、手足口病、重大传染病相关科研课题的培训，使研究人员掌握了临床科研的基础知识。另一方面，各单位在参与完成全国中医药防治传染病课题的过程中锻炼培养了一批临床科研骨干；特别是在中医药防治甲型H1N1流感的实际工作中锻炼了人才队伍，为今后研究室的发展提供了人才支撑。
防控能力凸显
2009年，甲型H1N1流感疫情后，各单位结合本地区气候、患者发病特征，分别制订了相应的中医药治疗方案，对重症甲流病例进行及时救治，提高了疗效、缩短了疗程。2009年，内蒙古、云南以及宁夏等研究室在应对“手足口病”重大传染病中，按照“中医药治疗手足口病普通型临床方案及诊疗规律研究”对患者进行中西医治疗，获得满意疗效。
2010年广西都安甲肝暴发，广西中医药防治传染病重点研究室迅速介入了甲肝的临床救治工作，成功地完成了中医药第一时间介入突发新发传染病的工作，并进行规范的随机对照研究，为中医药防治甲肝提供了循证依据。
还存在五大问题
硬件设施落后
近年来，国家投入了大量人力、物力对西部传染病医院进行了升级改造，但西部各医院的基础薄弱，特别是中医科室的设备设施还相对陈旧落后。通过“西部中医药防治传染病重点研究室建设”项目的开展，各个“研究室”配备了基本的办公设备，但还远远满足不了临床科研的需求。如西藏、新疆地区医院还没有建立医院网络系统，所以中医临床科研信息一体化平台难以建立，硬件设施的落后阻碍了中医药临床科研的展开。
临床科研能力薄弱
西部“研究室”开展临床科研能力较薄弱，需要国家进一步支持加强临床科研系统的建设和专业人才培养。根据西部“研究室”的现状，如果单靠各个“研究室”自身能力确实在短时期内很难达到预期目标。提升西部“研究室”的临床科研能力，需要建立技术共享平台，在相关领域学习其他“研究室”的经验，特别是应加强西部“研究室”与东部地区基础较好的“研究室”之间的合作，通过科研项目或课题的实施和开展，锻炼人才队伍，达到提升西部“研究室”临床科研能力的目标。
中医治疗病种局限
由于各地区患者分布的差异，各单位的中医科大多有各自的优势病种，多擅长某一种疾病的诊疗，如肝炎、艾滋病或结核病，其他传染病则主要由西医治疗，虽然特色病种能够得到发展，但中医治疗的病种范围比较局限，医生接触其它传染病患者的机会比较少。这种情况下中医很难在新发、突发传染病的防治中积累经验、锻炼队伍。所以，在今后的工作中应进一步加强中医药诊疗手段在多种疾病中的运用，增加中药制剂的使用率，提高中医药救治疫病的能力。
中医药救治信息系统缺失
目前，医疗救治信息系统已经成为我国突发公共卫生事件应急体系建设最薄弱的环节。同样，中医药救治信息系统的建设更是迫在眉睫，特别是西部地区信息基础设施简陋难以满足中医药救治信息网络建设的要求，阻碍了各个“研究室”面对突发事件应急能力的提高。所以，应在现有的工作基础上尽快建立中医药救治信息系统，从而在管理者、专家组、临床医生以及科研人员之间建立畅通的信息通道，准确把握疫情，及时组织调动人员，确保中医药第一时间介入新发、突发传染病的救治。
专业人才匮乏
目前，西部的“研究室”建设乃至全国的“研究室”都是依托地区传染病院或西医医院建设的，中医科室的中医特色不明显，中医力量相对薄弱，高层次人才十分匮乏，而既掌握中医理论、善于使用中医药，又掌握临床科研方法、能够进行规范临床研究的新型人才就更为匮乏。另外，各个单位对“研究室”建设的重视程度尚存在差异，有些“研究室”的常规研究人员中中医专业人员所占比例相对较低。专业人才的匮乏是今后“研究室”建设面临的难题。
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