现代中医基础理论是“由现象描述迈向本质阐明”的新的理论体系，是研究并阐明中医学有关人体形态结构与其功能机制、疾病发生发展病理改变及其防治基本规律的系统知识，是中医基础理论二级学科分化为三级学科群的桥梁。
现代中医基础理论概念的外延为人体生理、病理及其防治共性规律三大方面；其内涵就是揭示这三方面的本质属性，即揭示人体功能机制、病理改变与防治规律。
创建现代中医基础理论要遵循的主要原则：一是医哲分开。人类科技史表明，科学与哲学融为一体的自然哲学是古代科学的重要形态特征。自然科学与哲学分开独立发展，是近代科技与古代科技的分野，更是科技大踏步前进的动力。中医学迄今医哲不分是导致中医理论发展迟滞的重要原因之一。生命科学的认识突破和中医基础理论现代研究的大量进展，为中医基础理论的医哲分开提供了必要的基础和依据。要做的只是如何实现：五行退出，界定阴阳和精气的医学含义并揭示其作用机制。二要理念转变。转变有两条：一是由重视经典转向着眼现代。科技发展证明，着眼现代才有现在和未来。二是由“创新不离宗”转变为创新敢离宗。不离宗之说立论与科学自由探索的精神相违背；科技创新就是对原有的理论技术的突破。三要转变思维和研究方法。思维上由哲学思辨转变为理性思维，即追寻事物本质联系。方法转变主要是由以象测脏转变为探查内脏揭示机制。
现代中医基础理论的用途与功能：按照《中医药科学研究发展纲要(2006—2020年)》“到2020年，初步完成中医理论的系统整理和诠释，阐明理论的科学内涵，建立起由现象描述向本质阐明的中医理论体系，为中医临床和中药研发提供新的理论指导”。该新理论应用于中医临床和中药研发两大方面，要具备如下两大功能：一为解释功能，解释说明当今中医临床新的诊疗技术。如中药新药研发无不涉及药物靶点及其作用机制，新的中医基础理论，能够说明靶点属于中医学哪一脏腑的微观结构，中药如何调治该脏腑微观结构的具体病理改变。二为指导功能，它将指导中医临床和新药研发，朝着更为深入具体的方向发展。
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