近些年来，该院勇于承担国家重大科技项目，形成了以国家级课题为主体的课题集群。“十一五”期间承担国家级课题76项，其中国家科技重大专项5项、国家重点基础研究发展计划（973计划）3项、国家科技支撑计划17项、国家自然科学基金47项、科技部国际合作4 项，科研总经费达到1.69亿元。2011年圆满完成大部分“十一五”课题研究工作，荣获科技部颁发的“‘十一五’国家科技计划执行优秀团队”奖。
通过科技人才培养，该院所获科研资助连年增加。2011年度，该院获得国家自然科学基金项目经费资助26项，资助金额1120万元。目前，该院形成了重点学科、研究室、三级实验室、挂靠学会等为主体的学术支撑体系，现有国家中医药重点学科6个、重点研究室3个，三级实验室5个，国家级挂靠学科12个，同时还是国家中医临床研究基地肿瘤联盟、糖尿病联盟牵头单位。2010年发表论文514篇，SCI收录论文20篇。
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