在针灸理论基础研究方面，对经穴及其针刺得气、配伍规律的脑功能界定，经穴效应特异性基本规律及生物信息基础，经穴特异性效应及其关键影响因素研究取得进展。如“基于临床的针麻镇痛的基础研究”项目，以针麻开颅、针麻开胸心脏手术等临床应用多年的针麻优势病种为研究对象，筛选出临床最优的经穴组合，显示出了针麻镇痛的优势。初步证明，针麻在手术中可减少30％～50％的麻醉药用量，术后也可起到镇痛的作用，并对机体多脏器具有明显的保护作用。
在疗效评价研究方面，“中医辨证论治疗效评价方法研究”对国际通用的临床评价方法进行了系统整理，提出了“证候变化”的测量指标与方法，确定了辨证论治糖尿病肾病、慢性阻塞性肺病、老年人细菌性肺炎的示范性评价设计方案等。同时，根据中医药诊疗特点构建了恶性肿瘤中医生存质量量表，以个体化辨证论治为主要干预手段，对中医药治疗晚期非小细胞肺癌、进展期胃癌等的临床疗效进行动态的、整体的评价。
据介绍，目前专项专家组已组织开展了中医专项“十二五”战略研究，用以指导“十二五”专项的部署；确定了“2010年中医药基础研究重大战略需求和重要支持方向”的4个方向，包括基于“肝藏血主疏泄”的脏象理论基础研究、中医健康状态辨识理论基础研究、常见病针灸治疗机制及理论基础研究、中药“十八反”配伍理论关键问题基础研究等。
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