《脉经》是后世脉法的第一部著作，是刚刚完成独取寸口法的专书，对于独取寸口的诊脉方法应当还算是“稚生”时期。尽管王叔和的成就是高的，《脉经》的水平是高的，但毕竟时间短，经验少，尚未经大量的实践与长时间的考验兼之传抄之误与佚失不完整等问题，其必有一定的缺点和不足是理所当然的。为了尊重古人，尊重历史，尊重事实，将《脉经》的不足及客观上存在的问题，提出来加以讨论是有意义的。
二十四脉问题
二十四脉是第一欢规定的脉名脉形的规范，它是空前的。是后人的楷模，但正是由于它是第一次的工作，亦就不可能完全正确，无懈可击。当然，由于传抄之误与后人整理等种种原因，问题亦不完全在原著本身。例如二十四脉中有革无牢，但说解却是：有似沉伏，实大而长微弦。”《千金方》照录了这些，而《千金翼方》就改成牢脉了，《千金翼方》是孙氏晚年之作，这个改正是对的。仲景《金匮要略》有革脉之脉形说解为芤弦两者相通。王叔和不应当不知道而以牢为革，如果说是误于王氏之后，那为什么革、牢-脉只收其一，亦是不可解的，另外二十四脉中无长短二脉，亦是较大的不足，代脉不及定数中止等义等等亦存在一定的问题。至于二十四脉是否能将前人诸多的脉象都含英撷华。包罗无遗亦是不无可议的。
三部六脉分主脏腑问题
三部六脉分主脏腑问题，出于《脉法赞》完成于《脉经》，但后人对此亦提出过不少异议。尽管五脏的分部都以《脉经》之说为准，但对六腑就有诸多疑义和不同的方法，同时亦还一直有人不承认两手寸关尺六部分配脏腑之说，故而李时珍有调停之说，谓：“两手六部皆肺之经脉也，特取此以候五脏六腑之气耳，非五脏六腑所居之处也。”这种论证方法无疑是不能解决问题的，分主脏腑之法经长时期实践，用于临床确有意义，但亦不是绝对的。对它凿凿而言之或完全否定，都是不实际的，至于在理论上如何解释恐非古人所能做到，这有待于将来的研究。
继承发展问题
后人对《脉经》总起来说并没有做精注的研究，亦没有取得重大的发展，这虽然不能算是《脉经》的问题，但亦使《脉经》所开拓出来的脉学为之减色。李时珍说：“《脉经》论脉止有二十四种，无长短二脉，……素难，仲景论脉只别阴阳初无定数，如《素问》之鼓、搏，喘横、仲景之谍、平、荣、章、纲、损、纵、横、逆、顺之类是也。后世脉之精微失传，无所依准，因立名而为之归著耳。今之学者，按图索骥，犹若望洋，而况举其全旨乎？”认为《脉经》的著作是消极的，所以亦就以消极的态度对待。李时珍尚且如此遗论他人，以致历代脉书多为迁就，一般为通俗易懂之《脉经》第二手材料，而无所重大前进与突破。《脉经》被认为高不可攀，于是“束诸高阁”，这亦应当是与《脉经》有关的客观性的一个问题吧？同时它还是一个小问题。
再有一个重要的问题是《内经》、仲景时代对脉象主病的问题是与证结合起来以辨病理病机等等，尤其是病机尤为重点。《脉经》中王叔和自著的部分将脉象与主病作简单的对应处理，后人因循此法遂成定例。使机动灵活的脉法成为僵化固定的东西了，使与证候有机结合的脉法自成一个“单系列”。后人临床之际不过是将病证的系列与脉的系列对对号而已。对上就算脉证相符，不对就算不符，于脉证的变动从舍之际很少探其精徽，这个问题王叔和应当是“始作俑者”。
手栓图问题
《脉经》的一个大问题是第十卷“手检图”的问题。按古代向有“左图右史”之制度，亦就是文字资料与图谱是并列并重的。刘邦人咸阳，肖何及时收“天下图籍”载于史册，是人所共知的。古书如《山海经》、《尔雅》等书都附有图像图形，新近马王堆汉墓出土有《导引图》震动世界。在古医籍中如皇甫谧著《针灸甲乙经》就是取《素问》、《针经》、《明堂》三书整理改编而成的《明堂》就是经络图、针灸图。王叔和的“手检图”无疑是脉图．但由于文字的书易传而图谱难传所以后来就佚失了。又经过无意的错筒和有意的窜乱，第十卷中不完整的文字是否为原来而目，乃至是否就是第十卷里的内容都很难说。在《脉经》第十卷的卷标题下注明为“手检图三十一部”，但明袁表本及沈际飞本作二十一部，这可能是传刻之误。诸本图形既失，但仍收有不完整的文字，其内容将寸口脉分为九道分列十二经及奇经八脉之位，但其文不全，缺手三阳及任、督、冲三脉，见于各本及诸家著录，按手阳确实佚失不存了，但任、督、冲三脉并未佚失而是错筒于本书第二卷“平奇经八脉病第四”之末了。文为：“尺寸俱-直上下，痛者，此为督脉，腰背强痛，不得俛仰，大人癫病，小人风疴疾。”“脉来中央浮直上下痛者督脉也，动苦腰背膝寒，大人癫，小儿痫也。灸顶上三，园正当顶上。“尺寸脉俱牢，直上直下，此为冲脉，胸中有寒疝也。…“脉来中央坚实，径至关者，冲脉也。动苦上腹痛上抢心，有疝癜，绝孕，遗矢搦，胁支谱烦也。”“寸口边丸丸此为任脉，苦腹中有气如指，上抢心，不得俛仰、拘紧。脉来紧细实长至关者任脉也，动苦少腹绕脐下引横骨阴中切痛，取脐下三寸。”
后来，明·李时珍根据《脉经》第十卷的残文加以补葺，复原了气口九道的条条道道式的“手横图”，附于《濒湖脉学》里，仍缺手少阳经，但没有引起人们的重视亦没有得到应用和推广。其他人提到这个问题的就寥寥了，如吴昆在《脉语》中说：“手检图脉法，惟通触之士，能知能行。丹波元胤在《医籍考》中说吴昆：“亦未知图与经文，既亡且缺也。”我们知道据现存资料，宋代施发始有脉象图之作，《脉经》的脉图实较施氏早了将近千年，这是非常了不起的，但已佚的脉图是什么样子，现在《脉经》第十卷的残文是否就是原来十卷中的内容都存在问题。例如：
1、寸口分为道究竟与脉图有什么关系。第十卷中说：“前后左右，各有所主，上下中央分为九道。”意思是用寸关尺再横向分中央两侧，共为九道，不但如此还有在九道间斜行的，左右弹的，这是否实际？它与脉图有什么关系，如果是则不过是像李时珍“复原”的只是几条道，这就算手检图？就占一卷书？
2、提法与内容的矛盾。手检图是三十一部，今本不全，缺手三阳及任督冲六部，只有手三阴、足三阴，足三阳、阳跷，阴跷阳维、阴维，带脉共十四脉，如能将缺者复原亦只二十四脉，远不三十一部之数。这如何解样？
3、第十卷之残文是否即原来手检圈所附之文字。按宋臣林亿等校刊《脉经》时的序说：“有以隋巢元方时行病源为第十卷者。”可见原第十卷只字无存了。又说：“有以第五卷分上下卷，而撮诸篇之文，别增篇目者。”可证第十卷图文早亡，于是就用各种方法凑齐十卷，他本如此，林氏等所据之本就不是用别处的东西代替的？否则，为什么很多地方从数字到内容都对不上号呢？
4、按九道之说图不易失。古书图形佚失的事是常有的事，原来在于文字易于抄录而图画则难于描摹，辗转失真，画虎类狗遂无实际意义，故尔不得不放弃之，如果仅仅是几个道道，比写字抄书要容易是不可能早早就失传的。如果说是为保密，或保守不传，那么几个道道亦没有什么必要。
根据以上几点今本《脉经》第十卷不但圈亡，连文字亦不大可能是原来的，而且还可以设想当初王叔和所设计图绘的脉图（当然是示意性质的）很有可能是很精密复杂，形象生动具有客观反映脉形，非常有利于在临床操作上掌握脉形的，可惜失传了。我们只能寄希望于地下，如果将来从地下资料中找到原本《脉经》全书，这谜才会得到真正的解决。
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