历史
1970、80年代，远东集团创办人徐有庠先生鑑于台北县板桥、土城一带，工厂林立、人口密集，却没有任何一家大型现代化医院，每有重大伤患或急症病人，均须转送台北市，却因路途遥远，延误就医之憾事时有所闻。徐创办人因之秉持「取诸社会，用诸社会」理念，捐款成立徐元智先生医药基金会，以自建医院、急诊援助、贫病义诊，及奖励医药研究为宗旨，于1981年4月1日在板桥创设亚东纪念医院，初期以150张病床开张服务。1983年本院经教育部评鑑为准二级教学医院，1985年获评为二级教学医院，1988年评为区域医院，1991～1997年成为区域医院暨教学医院，2000～2003年获评为区域医院暨乙类教学医院。
1999年本院与台大医院策略联盟，由朱树勳教授出任院长，同年主管营确立迈向医学中心之愿景，2006年顺利通过卫生署评定成为台北县第一家医学中心。2009年修改确认「成为民众首选的医学中心」的新愿景并再度通过新制医学中心评鑑，并于2013年再度通过医学中心评鑑，充分落实基金会设立之宗旨。
服务与设备
本院现设有心脏医学中心、内科、外科、妇产部、小儿部及其他医疗专科合计64科2中心；医事单位计有临床病理科、解剖病理科、影像医学科、核子医学科、护理部、药剂部及营养科，均能有效提供完善的医疗服务。在设备方面，近年来陆续引进最新的仪器，如国内首部全球最新型双射源电脑断层扫瞄仪(Dual Source CT)、导航螺旋刀(Tomo Therapy)、准分子雷射仪、3T磁振造影(3T-MRI)等，辅助提升诊断及治疗效果。总病床数1,174床，每日门诊服务量超过5,000人次、每日急诊服务量近400人次，已是全国第四大量，佔床率亦维持在85%以上，可说是以最完备的医疗团队及最先进的医疗设备，为大台北地区的居民，提供最优质的医疗服务。
爲提升本院的服务能量并提升民众照护品质，基金会投资一百亿兴建亚东第二院区?总楼地板192,252.75平方公尺，完成之后亚东医院院区将增加一倍，并聘请加拿大B+H建筑集团与新加坡 Parkway集团担任建筑顾问，以国际病人安全基准规划各项配置与病人动线，2015年完工后能提供民众与员工更优质的医疗与工作环境。
教学
2006年通过甲类教学医院评鑑，2009年通过新制教学医院评鑑，成为医学中心层级的教学医院。配合本院核心专长规划完备的训练课程，并发展以「病人」为中心的全人照护教育，近年来配合卫福部及医策会，推动毕业后一般医学训练、二年期新近医事人员教育、教学门诊计划、实证医学教学及全人医疗等课程。成立教师培育中心，进行各项师资培育课程，提昇临床教学训练品质，作育医学人才。设置临床技能中心，提供各类模型模具及模拟情境训练，以提昇各类人员临床技能，确保病人安全。目前本院为各类专科训练医院，每年均鼓励医师及医事人员至国内外参与研讨会，研习最新医疗新知，自1999年起持续荐送同仁至国外知名学府如哈佛大学、剑桥大学等训练机构出国研修或攻读学位，研习最新医疗科技与技术，期许本院的医疗品质与世界接轨。
研究
为建制优质学术研究环境，本院目前已先后完成2个共同研究室、1个动物实验室及24小时e化服务的电子图书馆，研究经费除了由「徐元智先生医药基金会」支助外，院内亦提拨学术研究经费供主治医师及医事人员进行临床与基础相关研究。在医学研究论文发表方面，本院透过公费公假与论文奖励，补助各类人员出席国外学会，2012年至2015年共发表701篇学会论文，更与元智大学、亚东技术学院、辅仁大学、国立阳明大学等机构，建立完善的建教及产学合作计划，持续发展医学研究，提升医疗专业及品质。
管理
设有企划处、稽核处、秘书处、资讯处、人资处、会计处、医事处、总务处、资材处、医工处、劳安处、品管中心、健康管理中心、社区健康发展中心及社工室等部门，分层负责各项业务的推展。近年来，本院在品管圈推行、专案改善、标准作业流程制定、ISO9001品质系统导入及内化等方面积极扎根。2010年起开始推行TOSHMS (台湾职业安全卫生管理系统)及ISO 14001 (环保管理系统)，2011年正式通过第一未来展望次认证，并于2014年再次通过认证。同时佐以愿景为基础展开的短中长期计划，导入各种品管医疗资讯，运用资讯及网路的效能，结合各项数据以及品质监控的指标，持续改善品质，提高病人安全与病人满意度，朝著民众就医首选的医学中心愿景迈进。
未来展望
除持续完成院区整建外，并预备与元智大学及亚东技术学院共同筹设医学院，以培养优秀的医疗人才。期许在不久的将来，能以最新颖的建筑、最贴心的服务，带给大台北地区民众最好的医疗照护。
院址：220新北市板桥区南雅南路二段21号
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