郭子光在伤寒研究方面的最大成就，是提出“病理反应层次”是六经方证的实质，他提出创立六经辨证论治新体系，把仲景学说的发展推向新阶段。他认为六经病就是六个大的病理层次阴阳失调的反应。伤寒六经方证，是仲景在当时条件下，为寻找调节人体反应状态的确定性，而总结出来的针对不同的病理反应层次进行调节的治疗体系。
他在临床上力主“病证结合”诊疗，归纳出“病证结合”论治的四种形式，指出每种形式的特点、优点和适应范围,包括分型论治、分期论治、方证相对论治、以基础方加减论治四个方面，这样既重视整体调治，也重视局部的病理损伤，促进中医对许多疾病的病机与证候的认识更深入更具体。
他开掘中医康复学术领域，提出“现代中医康复医学”基本框架。以前中医古籍有关中医康复的内容散见于各科著述中，郭子光把零零碎碎的经验、认识，提高到学科体系的高度，进行系统化整理、研究。他对康复理论与方法的原理与具体运用作了具体阐述。驳斥了“中医无康复”之说，不同意把康复与养生混为一谈，认为只有把治疗措施提到康复意义的高度来要求，才能充分开掘中医学的潜在内涵。
此外，郭子光在诸多领域有所创新。比如提出“攻邪已病”治癌症的学术思想，肝主疏泄治血液病，比如在《肺结核病》一书中提出“三因鼎立”学说，形成发病公式：原因＋诱因＋素因→疾病，被认为是对中医病因发病学的创新。
临床 善治奇症
“给病人医好了病，心中是个享受。这种幸福感，比得到很多钱还满足。”
如果有来生，郭子光说自己还会选择做医生。对他而言，治愈病人的幸福感，比得到很多钱还满足，他常说，“病人一高兴，我也感到高兴。”他擅长治疗内科疾病，尤其对冠心病心绞痛、难治性血小板减少症、慢性肾炎蛋白尿、某些癌症等疑难病症疗效卓著，在病人和同行中声望很高。
每周他在成都中医学院附属医院名医堂、老中医门诊部坐诊4次。由于患者过多，必须当日挂号，早晨8点开号，不到3分钟25个号就被一抢而空。不想让病人白跑一趟，再加五六个号已成了惯例。
他印象最深的病例是上世纪70年代治愈的第一例乙脑病人。当时郭子光在城关医院主管病房，来了位7岁的小病人，体温41℃，抽风不止。当务之急是赶快让病人醒来，给病人服用了安宫牛黄丸，但还需要麝香和竹沥水，药房里没有。幸好有位少数民族的进修生，把身边带着的好麝香捐献出来。随后郭子光让人砍断几根竹子，用火烧，流出大杯大杯的竹沥水，再把麝香兑进去。4小时后娃娃的体温下降，很快苏醒。过几天小病人系着鲜艳的红领巾，孩子的爸爸捧着特大的写着“伟大的中医药”的锦旗一起来道谢。
1998年，一位43岁的公司经理腹内肠鸣，从沥沥有声到整天无休止地“咕咚”响，四处医治无效。来就诊时，一米开外“咕咚、咕咚”的肠鸣声清晰可闻。郭子光诊其为“肝之疏泄太过，内动肝风，扰动肠系，肝失藏血挟瘀滞。”遂投从肝治之，肠鸣即消，不再复发。
前不久，有一位患再生障碍性贫血的60多岁女病人，郭子光认为她属于肾精亏虚，给病人开了鹿茸、人参等药，3个月后，病人恢复得很快，血小板上升，腿和耳朵的症状改善很快，全家人送来一大包礼物表示感谢。郭子光说：“请你一定成全我，保持我的医名。”从医将近60年，他无数次拒绝了患者的红包和礼物。每有贫苦的病人，他反倒送钱给他们买药
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