一般以手术治疗为主，内治法多用于手术前后减轻症状、控制炎症发展。
一、内治法
1、湿热下注肛周经常流脓，色黄质稠，肛门胀痛，局部灼热，肛固有溃口，按之有条索状通向肛内；口干口苦，舌红，苔黄腻，脉弦滑。
辨证分析：湿热之邪蕴于肛门，气血壅滞，日久不去，郁久化热，肉腐成脓，故见肛周流脓，色黄质稠。肛门胀痛，局部灼热；邪毒旁窜，则成索状管道；口干口苦、舌红、苔黄腻、脉弦滑皆为湿热之象。
治法：清热利湿。
方药：二妙丸或萆藓渗湿汤加减。
2、阴虚邪恋肛周反复流稀薄脓水不愈，肛周溃口隐痛，凹陷，局部常五条索状硬物扪及；潮热盗汗，心烦口干；舌红，少苔，脉细数。
辨证分析：肺肾阴虚，正气不足，湿热之邪蕴于肛门，留恋不去，则反复流稀薄脓水；阴虚内热则见潮热盗汗，心烦口干；舌红、少苔、脉细数为阴虚火旺之象。
治法：养阴清热。
二、外治法
苦参汤煎水坐浴，每日1次，每次20—30分钟。
其他疗法
肛漏以手术治疗为主，根据漏管位置的高低及复杂程度，其手术方式可分为切除疗法、切开加挂线疗法两种。手术成功的关键在于准确地找到内口，并将内口切除。
一、切除疗法
1、适应证低位肛漏。
2、禁忌证瘘管病史少于3个月；瘘管有酿脓现象；有严重的肺结核及其他严重的全身性疾病者。
3、操作方法取截石位或侧卧位常规消毒，腰俞麻醉或局部浸润麻醉下，先在肛门内塞人一块盐水纱布，再用注射器从漏管外口注人1％亚甲蓝，如纱布染有颜色，则有助于寻找内口。用球头探针从外口探人，同时用另一手食指伸人肛内作引导，小心将探针从内口探出，提起探针两头，用剪刀剪除漏管管壁及周围疤痕组织，形成一口宽底小的创面，伤口填塞凡士林纱条。
4、注意事项术前应仔细检查漏管行走方向，确定为低位肛漏方可行一次性切除疗法。手术时应仔细探查原发内口，以免用力过猛，形成假的内口，导致手术后漏管复发。术后每天换药一次，让肉芽组织从基底逐渐生长，防止桥形愈合。
二、切开加挂线疗法
切开加挂线疗法是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用，通过紧缚所产生的压力或收缩力，使局部组织血运受阻，发生缺血性坏死，缓慢切开，使断端有与周围组织产生非炎症性粘连的机会，防止肛管直肠环突然断裂回缩而引起肛门失禁。目前多以橡皮筋代替丝线，可缩短疗程，减轻术后疼痛。
1、适应证高位肛漏。
2、禁忌证同切除疗法。
3、操作方法患者取侧卧位，局部消毒，腰俞穴麻醉或局部麻醉，先在球头银质探针尾端缚扎一橡皮筋，再将探针头从漏管外口轻轻探人，同时用另一手食指伸人肛内摸查接应探针头，并从内口探出，提起探针两头，在内外口之间切开皮肤及皮下组织，切口上至齿线稍下方，下至外口。再将探针从漏管内完全拉出，使橡皮筋穿过漏管，再提起橡皮筋两头并拉紧，紧贴切口创缘用丝线结扎橡皮筋两端，再在结扎线外二cm处剪除多余的豫皮筋，用凡士林纱条填塞伤口，外盖敷料。
4、注意事项术后保持大便通畅，每天便后用1／5000高锰酸钾溶液坐浴后再换药。术后每隔2—3天拉紧橡皮筋重新结扎一次。一般7—10天左右漏管即被挂断。术后换药应仔细、认真，务使伤口从基底部开始生长，防止桥形愈合。
预防与调摄
一、保持肛门清洁，养成良好的卫生习惯。
二、发现肛门周围脓肿，宜早期切开排脓，一次性手术治疗，可防止后遗肛漏。
三、肛漏患者应尽早治疗，避免外口堵塞后，引起脓液积聚，排泄不畅，导致新的支管。
四、术后应防止出血，换药宜仔细认真，防止桥形愈合。
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