肛瘘的分类方法很多，简单介绍下面两种：
一、按瘘管位置高低分类
1、低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘（只有1个瘘管）和低位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。
2、高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘（只有1个瘘管）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。此种分类方法，临床较为常用。
二、按瘘管与括约肌的关系分类
1、肛管括约肌间型：约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。
2、经肛管括约肌型：约占25%，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。
3、肛管括约肌上型：为高位肛瘘，较为少见，约占4%，瘘管在括约肌间向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨直肠间隙穿透肛周皮肤。
4、肛管括约肌外型：最少见，仅占1%。多为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨肛管间隙脓肿的后果。瘘管自会阴部皮肤向上经坐骨直肠间隙和肛提肌，然后穿入盆腔或直肠。这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、Crohn病引起，治疗较为困难。
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