一、认为气血失调是疾病的基本病机
《灵枢·本脏篇》指出：“人之血气精神者，所以奉生而用于性命者也”。说明气血津液是维持脏腑机能活动的物质基础。与易水内伤派不同，丹溪杂病派着眼这些体内物质基础的变化。朱丹溪说：“气阳血阴，人身之神，阴中阳秘，我体常春”(《格致余论》）“气为阳宜降，血为阴宜升，一升一降，无有偏胜，是谓平人”。(《局方发挥》）气血的和畅是健康的基础，反之则是酿患的前提，无论是内伤七情、饮食劳倦、恣情纵欲，还是外感六淫，均以导致气血的失调为结果。在此基础上，体内遂发生一系列病变：或津液停滞，凝变而为痰；或经脉不通，血凝而为瘀；或气有余而为火；或食不化而为积；或湿蕴而为热......所谓：“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉”(《丹溪心法》）因此，丹溪杂病派诸家无不注重气血。
二、善于调治气、血、痰、郁
气、血、痰、郁为丹溪杂病学的辨证总纲。后人称此为杂病四字法。气病有气虚、气滞、气逆之分；血病有血虚、血瘀、血热之分，痰病有湿痰、热痰、风痰、老痰、食积痰、虚痰、痰核之分；郁病则有气郁、血郁、热郁、痰郁、食郁、湿郁之分。气血痰郁所赅病证甚广，而其中痰、瘀为重点。杂病诸法无效者，每从治痰治病上收效。痰瘀的致病范围最广，如痰之为患，“为呕吐、为反胃，为喘满，为咳逆，为膈噫，为吞酸，为嘈杂，为臌胀，为痞为痛，为泄利，为不食。冲上为头痛，为眩运；溢下为足肿，为癖疝；散于表为寒热，为跗肿，为支节痛；聚于心为狂癫昏仆不语”。（戴思恭《推求师意》）此外，健忘、惊悸、赤白浊、自汗、痿、厥、妇人月经不调、带下、不孕等，皆可见痰饮为患者，正如《丹溪心法》所说：“百病中多有兼痰者，世所不知也”。瘀之为患，亦相当广泛。“妄行于上则吐衄，衰涸于外则虚劳，妄返于下则便红，稍血热则膀胱癃闭溺血，渗透肠间则为肠风，阴虚阳搏则为崩中，湿蒸热瘀则为滞下，热极腐化则为脓血，火极似水血色紫黑，热盛伤阴发为疮疡，湿滞于血则为痛痒隐疹，皮肤则为冷痹，畜之在上则喜忘，畜之在下则为喜狂，坠恐跌仆则瘀恶内凝”(《金匮钩玄》）后人王清任的《医林改错》列举了贪血病症五十余种。有人统计，现代已用活血化瘀方药治疗一百多种疾病，特别是那些病情棘手，经久难愈；或痛状怪异，原因难明的疾病，从瘀论治每收良效。所以，丹溪杂病派重视气血痰郁（瘀）是有其临床实践基础的。以清除体内的病理产物为手段，使机体达到气血和畅的状态，是丹溪杂病派的一大特色。
三、不执专方
不执专方，既是易水内伤派的特点，也是丹溪杂病派的特点。朱丹溪的老师罗知梯，得河间再传之学，又旁通李东垣、王好古、张子和诸家之说，临证不执专方，变化十分灵活，据朱丹溪说，罗治病“必令其视病人脉状回禀，罗但卧听，口授用某药治某病，以某药监某药，以某药为引经，往来一年半，并无一定之方。至于一方之中，自有攻补兼用者，亦有先攻后补者，有先补后攻者”。罗氏还说：“用古方治今病，正如拆旧屋凑新屋，其材木非一，不再往匠氏之手，其可用乎飞罗”？这些思想对朱丹溪有极大的影响。朱丹溪也主张结合病人的体质、性格、年龄、病程以及四时、地域来全面分析，要分别内伤外感、标本缓急、寒热虚实、脏腑表里，既要知某药治某病，又要知某经用某药，对正治反治、相须相制、君臣佐使的组方原则，以及药物的修治、分两均要一一考究（参见《局方发挥》）。他在临床上以气血痰郁为主，气虚用四君子汤，血病用四物汤，痰病用二陈汤，郁病用越鞠丸，酌量轻重，加入主病引经之药，一循治法，不执专方。这种在基本方上加减的思想方法，较之《局方》守方不变，按症选方的思想方法显然是有进步的。
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