公元1217年住持志隆禅师创办少林药局。
公元1260年，在蒙古哈喇和林召开了一次特别的辩论大会，辩论双方是道教代表——全真教道士李志常和佛教代表福裕大和尚。辩论的焦点是佛道谁为贵，评判者是皇帝元世宗忽必烈。结果佛教大胜，焚毁道经四十余种，勒令众多道教徒皈依佛教，自此确立了佛教在元代的尊崇地位。这场辩论的胜方代表福裕大和尚正是嵩山少林寺住持，此前他已经被元宪宗蒙哥任命为最高僧官“都僧省都总统”之职，总领全国佛教，佛教界尊称为“大宗师”。福裕在住持少林寺期间，对元初兵燹之灾后的少林寺进行了大规模整修和重建，确立了曹洞宗在少林寺的地位，制订了少林寺的宗法制度。由于寺院的兴盛，少林寺医学也有了长足的发展，福裕大和尚倡导了“主伤科兼修内科、儿科，医众僧兼俗疾，方为普度众生”的僧医方针，使少林寺僧医技术得到大发展。
明代少林寺被人们认为是习武人数最多的时期，从洪武到崇祯的260多年间，武僧多达万余人，其中应诏为将者和武术高手达800余人。正德年间，少林寺已“博名天下”（曹庆仁的《宁波府志·艺术》。嘉靖三十二年，少林僧参加了江南御倭之战，“骁勇雄杰”，数年立战功（《夏松倭变记》卷下）。庞大的僧人团队也同样需要一支庞大的医疗队伍，当时的少林寺住持十分重视寺内医疗机构的健全和医疗技术的提高。当时的少林寺方丈本明大和尚主持期间，少林寺医疗建制如上图。
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