发生在19世纪中叶、历时13年的太平天国运动，是由洪秀全领导的一场大规模的反对清朝封建统治和外国资本主义侵略的农民起义战争。
在浩浩荡荡的太平军中，活跃着一支承续中医学的专业队伍。他们以良方妙剂给军民治病、以草木骨石为将士疗伤，有力地保障了军队的战斗力。
史料载，太平天国十分重视医疗卫生工作，有全国性的管理机构，普遍建立医疗馆和伤兵医院；设立总药库，统一调配供应药品；重视医疗队伍建设，所有“大小方脉、内外专科、眼科、妇科以及小儿急慢惊风等症”之医师，一体招访；地方政府也将“医士之能内外科者”纳入招贤范围。行军打仗或攻城拔寨后，专门寻访并收留名医。严格医师选拔培养，“立医生，必考取数场”，然后聘用。定期集中组织医务学习培训，交流临床经验。提高医生地位待遇，凡有功劳者，屡有加官进爵。免费为民众接种牛痘预防天花，开辟了近代全民免费接种牛痘之先例。
其时，身处太平天国之中或为太平军进行医疗服务的医生主要有：李俊良、谢元庆、陈憩亭、宋耕棠、哈文台、黄益芸、任鸿浩、何潮元、赖汉英、黄维悦、杨斐成、王震田、张乃修、朱冠臣、何文庆、张朗亭、季朗寰、僧医以及洪仁轩、洪宣娇等。
史书云：“天国肇兴……而于医师，益相珍视，榜谕以求之，衣锦以荣之。至乎一朝有补天侯之爵，一军有拯危急之官。医者患者，皆得其所……名医辐辏。”
李俊良，广西人，早年经营药铺，精通医理，医术超凡。他加入太平军后，收罗医士，采办药材，治病救人。“凡军中有病者，俱令诊视”。1851年9月，时疫流行，天王洪秀全身染重症，李俊良“用药一剂而瘳”，并组织军民采用中草药和各种医疗手段扑灭时疫。忠王李秀成眼疾甚剧，李俊良亲率哈文台、宋耕棠、王震田、僧医等人“竭技诊治”而愈。后被封为“国医”“补天侯”，成为太平天国医疗卫生机构的“掌门人”。时人有诗传诵：“参苓逐户遍搜求，才进刀圭病已瘳。朗豁双眸云翳净，奇珍新赐补天侯。”
谢元庆，字蕙庭，江苏苏州人，曾云游行医。收集应验良方，编著《良方集腋》。太平天国将士入驻南京，水土不服，皮肤病患者甚众。他辨证施治，开了两个药方：其一，大枫子五钱，蛇床子五钱，川花椒三钱，煅枯矾五钱，活水银二钱，研末。其二，生大黄五钱，白明矾三钱，煅枯矾四钱，生白芷三钱，密陀僧三钱，天花粉三钱，明雄黄二钱，研末。方中大枫子祛风止痒，治疗各种皮肤病；蛇床子祛风止痒，治湿癣；花椒祛风止痒，枯矾燥湿拔干止痛；水银治癞痢头、疥癣。生大黄消炎解毒；明矾祛风止痒；白芷祛湿止痛；密陀僧杀虫、消肿，治湿疮；天花粉治湿疮；雄黄治疥癣。药方一经使用效果显著，被太平军视为至宝，善加保管。太平军兵败时，将药方及重要的军事文献一起藏匿在苏州一所民居墙壁的夹缝里。1966年，房屋修缮时药方被发现，得以重见天日。
宋耕棠，江苏江宁人，弃儒从医。1853年太平军攻克金陵，北王韦昌辉遍贴告示，搜求名医。时年56岁的宋耕棠毅然加入太平军，且屡有作为。东王部属覃二忽罹时疫，他以偏方施治，一服而愈。将士敬佩不已，推为“神医”。东王杨秀清患眼病耳疾，痛楚难捱。他试以针砭，颇见疗效。天王妻子赖莲英患病多年，他妙手回春。宋耕棠以功加恩赏丞相。
陈憩亭，医术高明，门庭若市，“太平军求治者接踵”。黄益芸，初为杨秀清卫士，善用“草药疗急病”，治疗创伤，被追封为“天胡侯”。
值得一提的是，干王洪仁轩亦兼通中西医，曾在王府中开办医院，并有医药手稿流传于遗族。洪宣娇也熟知中医，传说，太平天国失败后，她隐匿于贵州榕江，皈依佛教，悬壶济世。另有一说，她辗转逃到美国，在旧金山一带行医。
此外，洪秀全为建立太平天国太医院，曾下令其心腹孙学保占领山西时，要妥为保护制造定坤丹、龟龄集之药店，并计划将药工、设备系数迁移到南京。太平天国还普遍推行针灸疗法，“有疾病不得如常医药，必取教中人来施针灸”。曾任清政府船政正监督的法国人日意格在日记中写道：“按西洋疗法用白兰地和樟脑医治的霍乱患者常常死去，而由中医用针灸扎患者鼻、嘴、腹、前额、指缝和腿关节的穴道后，霍乱居然痊愈了。”太平军军医还将治伤诀窍传于民间，相传安徽骨伤名医戴立扬因搭救两名生命垂危的太平军军医，并收养其两年之久而得到真传，最终创立了自成一家的戴氏正骨法。太平军还将黑砒石、黄漆叶等制成“毒气弹”用于战斗，杀伤敌人。
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