康熙早年的生活就一直笼罩在天花的阴影之下。他出生没多久，正赶上天花大流行。不得已之下，由其乳母抱出紫禁城，寄住在西华门外的一座宅邸（雍正时改为福佑寺）中“避痘”，可以说长期得不到父母之爱。两岁那年，他仍然没有躲过痘魔的侵害。好在，有乳母——正白旗汉军包衣曹玺之妻孙氏的悉心照料，康熙硬是从天花的魔掌挣脱出来，只是脸上留下了不甚雅观的点点痕迹。这次与痘魔的“亲密接触”，给康熙幼小的心灵留下了永远无法消除的阴影。据《圣祖廷训格言》中记载，康熙在其晚年曾说：“联幼年时未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下未得一日承欢，此联六十年来抱歉之处。”躲过天花的灾难之后，幼年康熙搬回了紫禁城，但天花的阴影仍时时笼罩在他的周围。由于天花连年爆发，深宫中也常常处在人人惶恐的状况之中。如果宫中有人得了水痘，父皇顺治等就会出宫“避痘”。如果城中有水痘病人，四周则用绳子围起来，谁也不准随便接近，即使是集恩宠于一身的皇子也不得四处走动。康熙童年的活动天地，因为天花肆虐而被禁锢在很小的范围之内，这些惊恐与动荡的灰暗记忆填满了幼年康熙的梦魔。
康熙登基之后，幼年的惨痛经历使其深深明白天花对大清王朝的威胁。在总结了前人防痘经验的基础上，他开始由过去被动防御而转为主动出击防治天花。在康熙的倡导推动之下，清朝天花防治开始走向科学化与系统化的道路。他在太医院下专门设立了痘诊科，并在普天之下广征名医。北京城内还设有专门的“查痘章京”，负责八旗防痘事宜，可见，康熙将这件事情是当成一件大事来抓的。
康熙十分重视对传统隔离防痘方法的继承，并在实施中不断有所创新。最著名的一例就是避暑山庄的选择与蒙古各部落首领围班制度的建立。这件事得从顺治时代说起，由于天花的流行，清初很长一段时间蒙古草原各部人觑制度受到了严重的挑战。由于蒙古首领多为“生身”（即没有患过天花），为避免传染起见，顺治消极地多年不接见来京的外藩首领，后来又规定没有出痘的蒙古王公也不许进京觐见皇上。康熙初年，这个规定仍然存在。据史书记载，康熙对于一些元旦来朝的外藩蒙古首领们自称已出过痘一事，表示担忧。康熙十年（1671年），他降谕理藩院：“凡元旦来朝外藩王等，虽云已经出痘，联犹虑之。伊等所云出痘，信耶？疑耶？”
康熙十六年（1677年）出巡塞北的途中，在热河发现了一个理想的避暑地方，决定在此建立一个避暑避痘的行宫。随即，康熙规定：以后凡是没有出过痘的蒙、藏、回、维等上层贵族，想要觐见皇帝，可以在每年7月到热河，9月随皇帝入围场秋狩，同时觐见皇上。这真是一个绝妙的办法，因为天高气爽的秋天能避开痘疫发作期，同时也达到了清王朝亲合少数民族各藩的目的。
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