阴阳五行学说是我国古代哲学思想的重要组成部分，具有朴素的唯物论和自发的辩证法思想。它起源于殷周之际，原是“阴阳”、“五行“两个学说，到战国时期由阴阳家把二者统一到一起，成为一种影响广大的哲学思想，为各门科学所运用。医家把它引进《内经》，作为自己的方法论和哲学基础。在祖国医学理论体系中，用以说明人体的组织结构，功能活动和疾病的发生、发展规律，指导临床诊断和治疗。
阴阳的概念起源很早，在原始社会后期就有了。最初，是指日光向背而言，即向着日光，太阳照射的地方叫做阳，而太阳照不到的地方叫做阴。《说文》：“阴，暗也。”“阳，明也。”可证。又《诗·公刘》：“既乐乃岗，相其阴阳。”在山冈上观察日影，以定山阴山阳。诸多先秦文献中对阴阳都有些记载，但论述最精深的要算《周易》。《庄子》言：“《易》以道阴阳。”《周易》的内容就是讲阴阳的道理。可见阴阳学说，渊源《周易》。虽然《周易》中没有“阴”阳”两字，但已有阴阳对立双方的概念。《周易》中的“一”、“一一”两个符号，后来称为“阳爻”和“阴爻”。阴阳一词的出现，则最早见于《国语·周语上》，书中记载公元前8世纪西周末年伯阳父曾用阴阳解释地震，他说：“阴伏而不能出，阳迫而不能蒸，于是有地震。”又如《左传》昭公元年（公元前540年）记载，秦国的著名医生医和在阐述病因时指出：“天有六气……曰；阴、阳、风、雨、晦、明也。”再如《管子》一书也用阴阳说明某些自然现象：“春秋冬夏，阴阳之推移也。”“时之短长，阴阳之利用也。日夜之易，阴阳之化也。”战国时期的荀况也讲过阴阳。到撰写《内经》时，文中已大抵吸收。
《周易》、《易传》以及诸子的辩证法思想及当时自然科学如天文、历法、数学、地学、农学等成就，使之与医学结合起来，从而奠定了中医理论体系的基础。尤其是在论述阴阳的基本概念和阴阳相反相成的基本规律方面，广泛联系自然界和人体生理、病理变化的许多征象加以具体论证。这就是“阴阳”的最早出现和阴阳与祖国医学的最早结合。
“五行学说”起源也是很早的，据甲骨文卜辞所载的情况可知，滥觞于殷周时代的五方观念就是五行学说的最早萌芽。继此之后，西周末年，史伯说；“以土与金、木、水、火杂以成百物（《国语·郑语》）。”春秋时宋国子罕说：“天生五材，民并用之，废一不可（《左传》襄公二十七年）。”五材就是指金、木、水、火、土五种物质原料。从这些记载中可以看出：五方说、五材说已经有了最早整体观念的萌芽，表现出一种朴索唯物主义的观点，而其后的《尚书·洪范》则最早明确提出五行这一概念，书中写道，所谓五行；“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爱稼穑。润下作咸，火上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”到《内经》的出现已经把“五行”知识比较熟练地运用到医学方面。借以五行学说来说明人体内部以及与外界之间的相互关系，来指导临床实践。如整体观念、五行的相生相克相乘相侮等等，这些对于疾病的认识、预防、诊断和治疗起到到了一定的作用。
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