扁鹊在长期的医疗实践中形成了自己的医学思想，其中许多医疗道德要求和诊疗原则，时至今日仍很有借鉴意义。
据《汉书·艺文志》载，扁鹊有著作《内经》和《外经》，但均已失佚。相传中医学的经典《难经》也出自扁鹊之手。
扁鹊具有高尚的医德，他谦虚谨慎，从不居功自傲。治好虢太子的尸厥症后，人们都称赞他有起死回生的妙手，扁鹊却实事求是地说，那是因为病人并没有死，自己只是消除其重病而已，称不上是起死回生。
扁鹊秉承科学的医疗精神，对巫术深恶痛绝，认为医术和巫术势不两立。《史记》把他的行医原则归纳为“六不治”：一是依仗权势、骄横跋扈者不治；二是贪图钱财、不顾性命者不治；三是暴饮暴食、饮食无常者不治；四是病深不早求医者不治；五是身体虚弱不能服药者不治；六是相信巫术不相信医道者不治。这体现了他坚持真理、反对强权的精神。
扁鹊还认为治病需及早，防患于未然是最好的治疗。这一信条在“蔡桓公讳疾忌医”的故事中已经得以体现。
在行医过程中，扁鹊还能根据当地需要，随俗为变地展开医疗活动。在邯郸，听说当地尊重妇女，他就做妇科医生；在洛阳，闻知周人敬爱老人，就做专治耳聋眼花四肢痹痛等老年病的医生；到了咸阳，因为秦人爱护儿童，就做治疗小孩疾病的医生，根据各地习俗适时变换医疗范围。这也反映了扁鹊是一个精通各科的医学多面手。
先秦时期，医学尚未明确分科，这就对医生的专业素质提出了严峻要求。而扁鹊对各种病症都毫不避讳，一视同仁，不仅精擅妇科、儿科、五官科，还是内科能手，从蔡桓公、虢太子的例子就可见一斑，据说他还精通外科手术，并且应用了药物麻醉来进行手术。
在具体的医疗实践中，扁鹊不仅在诊断过程中运用四诊法，在治疗过程中也采用综合治疗的方法，比如救治虢太子时，他就用了针刺法、热熨法和服汤药法等。综合疗法是扁鹊行医的主要治疗措施。
此外，“扁鹊见蔡桓公”的故事中，扁鹊对病变过程的认识也包含了人体解剖组织结构、疾病的发展规律、治疗的法则及具体方法等医学思想。这些思想和原则在先秦时期都是非常可贵的认识。
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