在三天的会议中，大会最后决议案通过了将3月17日定为中医药大团结纪念日（后称“国医节”），并决定组织请愿团晋京请愿。中医请愿团到达南京后，先后向国民党第三次全国代表大会、中央党部、国民政府、行政院等处递交请愿信，发觉政府各级人士中同情中医者居多。例如行政院院长谭延闿表态说：“中医决不能废止!我做一天行政院长，不但不废止，而且还要加以提倡。”据说卫生部长薛笃弼在国民党三大会场中也屡遭到代表质问，连冯玉祥都来电批评他。24日，薛笃弼主动宴请请愿代表，宴后表态说：“中卫会议案实有不妥……本部长对于行政方针，以中国国情内为左右，对于中西医并无歧视，并深信中医之限制，非政治势力所能收效。”
在全国中医界的努力下，卫生部先后函复各地中医团体，矢口否认称“中央卫生委员会决议案并无废除中医中药之说”，3月25日正式函复全国医药团体大会主席团时又说：“查《社会医报》之登载，应由该报负责。”与余云岫撇清干系，并许诺将来会吸收中医参加“中央卫生委员会”。中医的抗争，达到了阻止废止中医议案实施的目的。
1929年中医界的抗争影响很大，《申报》称“其盛况为一年来民众运动所未有”。在斗争中，不难看到中西医各自所处的情势对比分明：一方高踞庙堂，谋划鸿猷；一方通电集会，停业罢市，典型的“朝”、“野”斗争姿态。这个过程，与日本明治维新时几乎一样。但是，与日本汉医一蹶不振不同，中国的中医对斗争充满自信。著名中医陆渊雷在与余云岫辩论时充满信心地说：“试行全国投标大抉选，逼发选票，令国民自由投票，信用中医中药者若干人，信用西医西药者若干人，政府监视开票，吾知信中医中药者，必得百分之九十五，信西医西药者不过五人也。”同样，在全国医药团体大会闭幕宣言中，列举中医的诉求之后激昂地说：“如必欲以莫须有冤狱相加，谓中医为草菅民命，涂炭生灵，视之如洪水猛兽而不容发展进化，则吾人惟有先自引退，静听全国三万万五千万民众之最后公判！”
算起来，在1929年掀起滔天波澜的，实际上只有禇民谊、余云岫等一小群西医，在社会上没有基础。他们所依仗的“科学”，远没有想象中的威力。中医与西医虽然理论相异，但是否构成推行卫生行政的障碍？卫生行政有无兼容两种医学的可能？这是一个要在实践中探索的问题，不是照搬外国经验可以解决的。
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