慢性胰腺炎的临床症状是反复发作性、顽固性腹痛，以左上腹或上腹为主，向左肩、背腰部放射，有时发烧、黄胆、脂肪痢。有时可出现区域性门静脉（左侧）高压等。若由胆道疾病所引起者，在慢性胰腺炎发作时或间歇期，常出现胆管炎的症状、体征。
1.顽固性疼痛：系慢性胰腺炎的一个突出症状，可无诱因的疾病，亦可在进高脂餐后发作。迄今对其原因尚不十分清楚。以往认为胰腺导管压力增高是其原因之一。近期提出的概念认为是胰腺炎伴有神经炎。经研究发现炎症胰腺组织内神经数目增多（＞100%），其直径亦增大，同时有卵圆细胞浸润以及神经束膜明显的蜕变。并发现慢性胰腺炎者感觉神经纤维内的神经肽物质P和肽相关的降钙素基因增加。此外，胰腺周围的感觉神经末梢亦可能对化学和物理紊乱有反应，即当胰腺内进行性病理过程时，则可引起疼痛。通过胰腺大体变化、组织形态学、影像检查均难以肯定胰腺的顽固性疼痛与形态学的相关性。因此，可能是疼痛与疾病的动态有关，而不是静态的。
2.黄疸：往往为暂时性，约30%的慢性胰腺炎出现黄疸。黄疸的出现多由于胰头水肿压迫胆总管下端所致，部分患者系由胆总管下端纤维性狭窄所造成，而这种梗阻常为部分性的。
3.其他：当胰腺导管长期的梗阻，可伴发炎性囊肿。
当胰腺邻近血管受累，受压、血栓形成，则可引起左侧的门静脉高压。同时胰腺神经变粗9约50%），外周保护鞘被破坏，则失去了对潜在毒性胰酶和激肽的屏障作用。
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