现代医学对慢性萎缩性胃炎的病因尚未完全阐明，认为可能与饮食、炎症、营养不良、组织瘀血和缺氧、免疫等因素有关。
中医通过30多年的探索，认为饮食不调和情志不畅是最主要的两个病因。此外，禀赋不足、气候对本病也有一定的影响。其病机有湿、滞、虚、瘀四个方面。
湿：因患者素嗜饮酒、恣食肥甘及辛辣∫助湿助热，以致湿热内蕴，阻于中焦。
滞：常因情绪忧郁，精神紧张，致肝郁气滞，横逆犯胃，或因脾气虚弱，中气不运，致中虚气滞。
虚：饥饱无常，过食生冷及粗糙食物，或患者泉赋不足，加之饮食所伤，导致脾胃虚弱。若其人素体阳虚，则表现为睥胃虚寒症，若素体阴虚，或寒邪化热，或长期使用温燥之药，迫灼胃阴，下汲肾水，成胃阴不足之症。两者又可相互影响，成为阴阳两虚之症。
瘀：气机不畅，血循滞积而成瘀；阴津不敷，胃膜失养，局部组织干槁不柔，津枯成瘀；化热伤络，络损血溢，积为血瘀。
上述四个方面的病机是相互联系的，其病机发展大致可概括为：实→虚→虚实夹杂，但又不是单纯直线发展。西医利用纤维胃镜也观察到胃粘膜相亦非全胃一致性萎缩病变，症状表现往往错综复杂。故中医在施治过程中，应抓住主要病机，冀以药中肯綮。
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