肠结核一般都由人型结核杆菌引起，偶有因饮用带菌牛奶或乳制品罹患牛型结核者，结核杆菌侵犯肠道的主要途径有：
一、胃肠道感染：为肠结核的主要感染方式，患者原有开放性肺结核，因经常吞咽含有结核菌的自身痰液而继发感染；或经常与肺结核患者密切接触。又忽视消毒隔离措施可引起原发性肠结核。
结核杆菌被食入后，因其具有含脂外膜，多数不被胃酸杀灭。病菌到达肠道（特别是在回盲部）时，含有结核杆菌的食物已成食糜，有较大机会直接接触肠粘膜，同时因回盲部存在着生理性潴留及逆蠕动，更增加感染机会。加之回盲部有丰富的淋巴组织，对结核的易感性强，因此，回盲部即成为肠结核的好发部位。
二、血行播散：血行播散也是肠结核的感染途径之一。见于粟粒型结核径血行播散而侵犯肠道。
三、邻近结核病灶播散：肠结核还可由腹腔内结核病灶直接蔓延而引起，如输卵管结核、结核性腹膜炎、肠系膜淋巴结核等。此种感染系通过淋巴管播散。
结核病和其它许多疾病一样，是人体和细菌（或其它致病因素）相互作用的结果。只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较强，并有机体免疫功能异常（包括肠道功能紊乱引起的局部抵抗力削弱）时，方能致病。
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