各种病毒引起的急性病毒性脑炎的临床表现差异较大，决定于①神经系统受累的部位；②病毒致病的强度；③患儿的免疫反应等。因此即使是同一病毒引起的感染，临床表现亦可不一。
1.前驱期症状 ：表现为上呼吸道或消化道的症状，如发热、头痛、咽痛、呕吐、腹泻、食欲减退等。
2.神经精神症状
⑴意识障碍：轻者对外界反应淡漠、迟钝或烦躁、嗜睡；重者出现谵妄、昏迷。
⑵颅内压增高：头痛、呕吐、头晕甚至出现脑疝，婴儿的前囟饱满。
⑶抽搐：可以为局限性、全身性或为持续状态。
⑷运动功能障碍：根据受损的部位可以表现为中枢性或周围性的一侧或单肢的瘫痪；亦可表现为锥体外系的运动障碍如舞蹈样动作，肌强直；亦可因脑神经瘫痪而有斜视、面瘫或吞咽障碍等。
⑸精神障碍：如记忆力减退，定向障碍，幻听、幻视；情绪改变、易怒，有时出现猜疑，常因此而误为精神病或额叶肿瘤。
3.伴随症状：病毒感染为全身性疾病，但各种病毒有其独特的临床表现。如埃可及柯萨奇病毒感染时常出现细小的麻疹样皮疹或同时有心肌炎、心包炎。流行性腮腺炎时腮腺肿大（亦可在腮腺肿大之前先有脑炎）。单纯疱疹病毒感染时口唇周围出现疱疹。病程一般2周左右，多数病例可以完全恢复，仅少数留有癫痫、视力、听力障碍、肢体瘫痪及不同程度的智能迟缓后遗症。
4.并发症
⑴本病夏秋季高发，但热带和亚热带地区可中年发病。儿童多见，成人也可罹患。多为急性起病，出现病毒感染全身中毒症状如发热、畏光、肌痛、食欲减退、腹泻和全身乏力等；以及脑膜刺激征如头痛、呕吐、轻度颈强和Kernig征等。患儿病程常超过1周，成年铺持续2周或更长。
⑵临床表现可因患者年龄、免疫状态和病毒种类及亚型的不同而异，如幼儿可出现发热、呕吐、皮疹等，颈强较轻甚至缺如；手-足-口综合征常见于肠道疾病71型脑膜炎，非特异性皮疹常见于埃可病毒9型脑膜炎。
⑶CSF压力可能增高，细胞数增多达10～1000×106/L，早期以多形核细胞为主，8～48小时候淋巴细胞为主；蛋白可轻度增高，糖水平正常。急性肠道病毒感染可通过咽拭子、粪便等分离病毒，PCR检查CSF病毒DNA具有高敏感性及特异性。
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