1.中毒性痢疾：发病更急，一开始即有高热，抽搐发生较早，有些患者有脓血大便，如无大便，可用生理盐水灌肠后，留粪便标本镜检，可发现脓细胞。
2.结核性脑膜炎：患者起病前身体健康欠佳，可能发现肺部结核病灶，结核菌素试验阳性，脑脊液含糖量及氯化物降低，蛋白含量高，放置后可有薄膜形成，有时涂片抗酸染色，可检出结核菌。
3.化脓性脑膜炎：患者身体其他部分可同时存在化脓病灶或出血点。脑脊液混浊或脓性，白细胞数多在2×109/L以上，有大量脓细胞，涂片或细菌培养检查可发现致病菌。
4.流行性腮腺炎脑膜脑炎：多有接触腮腺炎患者的病史，多发生在冬春季节，注意检查腮腺是否肿胀。临床上有先发生脑膜脑炎后出现腮腺肿大的，如腮腺肿胀不明显，可作血和尿淀粉酶测定。
5.脑型疟疾：除中枢神经系统症状和体征外，多有不规则畏寒、发热和出汗，脑脊液无显着变化，肝脾多肿大，血涂片可查见疟原虫。
6.其他病毒性脑炎：柯萨奇病毒（A9、B1-8）、埃可病毒（4、6、9）、淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、单纯疱疹病毒，和其他病毒引起的散发性脑炎，在临床上很难与乙脑鉴别，须依靠血清学检查与病毒分离。
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