各种病毒性脑膜炎的临床表现大致相同。一般急性起病，多数病人首先出现类似上呼吸道感染和胃肠功能紊乱的症状，随后出现脑膜刺激症状，常有头痛、发热、恶心、呕吐、颈项僵硬等。还可出现畏光、眼球疼痛、乏力、肌痛、咳嗽、腹痛、腹泻、手足发麻等表现。当出现昏迷、病理反射或局灶性神经症状和体征时，提示病变已累及脑实质。病毒性脑膜炎一般呈良性经过，病程约2～3周，也可短至几日。
不同病毒感染可出现各自特异的表现。某些肠道病毒感染时可出现皮疹，多与发热同时出现，柯萨奇A组病毒感染时有局部或多处斑丘疹，也可伴发疱疹性咽峡炎及腮腺炎。柯萨奇B组病毒感染可引起心肌炎和流行性肌痛。ECHO病毒感染的皮疹可表现为斑丘疹，也可为瘀点状，疱疹病毒感染时出现皮肤或生殖道疱疹。生殖道疱疹多出现单纯疱疹脑膜炎（HM）起病时，也可在起病前出现，或者不出现于脑膜炎病程中。带状疱疹脑膜炎一般在出疹后7～10日内起病，也可能起病后一周才出疹。
根据发热、头痛、恶心、呕吐、脑膜刺激征阳性及脑脊液的特点，本病诊断即可成立。特殊的病因诊断和病原体的确定有赖于实验室的病毒学检查。
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