鉴别诊断：
一般应和急性化脓性脑膜炎病毒性脑炎、真菌性脑膜炎及脑膜炎型脑囊虫病相鉴别脑脊液的不同改变及病原学检查是主要鉴别诊断依据。
有明显的脑膜刺激征出现以前，应与一般非神经疾患相鉴别，包括上呼吸道感染肺炎消化不良、蛔虫病、伤寒手足搐搦症等，此时做腰椎穿刺检查脑脊液即可明确诊断在出现脑膜刺激症状及体征后，甚至在脑脊液检查后仍需与一系列中枢神经系统疾患相鉴别。根据北京儿童医院180例曾误诊的结脑分析，最易误诊为病毒性脑炎、化脓性脑膜炎及脑肿瘤。
1.化脓性脑膜炎 婴幼儿结脑起病急者每易误诊为化脓性脑膜炎；反之化脓性脑膜炎经过不规则抗生素治疗而脑脊液细胞数不甚高时又易误诊为结脑2岁以下小儿约有15%在住院前被误诊为化脓性脑膜炎。其中最易混淆者为嗜血流感杆菌脑膜炎因其多见于2岁以下小儿，脑脊液细胞数有时不甚高；其次为脑膜炎双球菌脑膜炎及肺炎双球菌脑膜炎。
鉴别除结核接触史结素反应及肺部X线检查可助诊断外重要的还是脑脊液检查，在细胞数高于1000×106/L(1000/mm3)，且分类中以中性多形核粒细胞占多数时，自应考虑化脓性脑膜炎；但更重要的是细菌学检查第1次脑脊液涂片及培养至关重要
2.病毒性中枢神经系统感染：主要是病毒性脑炎病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别
(1)流行性乙型脑炎：流行于夏秋季，重症多起病急剧凶险，早期即有脑炎症状发热、头痛、嗜睡3～4天后进入极期，出现高热、抽搐昏迷及呼吸循环衰竭此时与结脑鉴别困难不大而轻型病例易与早期结脑混淆，结脑早期出现脑实质损害症状者又易误诊为脑炎，但乙脑有流行病史脑脊液中蛋白只轻度增高糖及氯化物正常或增高都有助于鉴别
(2)腮腺炎脑膜脑炎：可在冬春季流行亦可散发尤其当脑炎发生在腮腺炎之前或根本不出现腮腺炎时易与结脑混淆可根据有腮腺炎接触史结核菌素试验阴性，肺部无结核病变及起病较急，脑脊液中糖和氯化物含量不降低及蛋白增高不显著来鉴别
(3)脊髓灰质炎：在夏秋季流行起病较急，有典型的双峰热型多无意识障碍，受累肢体腱反射消失弛缓性麻痹发生较快与结脑之肢体瘫痪发生较晚且为强直性麻痹不同。
(4)肠道病毒：如柯萨奇病毒埃可病毒所致脑炎或脑膜炎多见于夏秋季起病较急，脑膜刺激征明显可有皮疹及肌肉痛，病程较短。
(5)淋巴细胞性脉络丛脑膜炎：多在冬春季节发生，常见有感冒症状，在发热及全身症状缓解后出现脑膜炎症状其特点为起病较急，病程较短一般在7～10天可恢复预后良好，脑脊液特点为淋巴细胞占绝大多数，可达95%以上糖正常，蛋白轻度增高。
①各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：
A.常有特定之流行季节
B.各有其特殊的全身表现如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎。
C.脑脊液改变除细胞数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同病毒性脑膜脑炎脑脊液糖及氯化物正常或稍高蛋白增高不明显多低于1g/L(100mg/dl)。
D.各种病毒性脑炎或脑膜炎有其特异的实验室诊断方法，如血清学检查及病毒分离等。 ②轻型病毒脑炎和早期结脑鉴别比较困难，处理原则是：
A.先用抗结核药物治疗同时进行各项检查如结核菌素试验、肺X线片等以协助诊断
B.不用激素治疗如短期内脑脊液恢复正常则多为病毒脑炎而非结脑
C.鞘内不注射任何药物，以免引起脑脊液成分改变增加鉴别诊断之困难
3.新型隐球菌脑膜脑炎：其临床表现慢性病程及脑脊液改变可酷似结脑但病程更长，可伴自发缓解慢性进行性颅压高症状比较突出与脑膜炎其他表现不平行。本病在小儿较少见故易误诊为结脑确诊靠脑脊液涂片用墨汁染色黑
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