起病前常有感冒或发烧病史，或角膜擦伤，或局部及全身使用激素，或劳累等。初起角膜上皮呈小点状混浊，轻度睫状充血，有畏光、异物感。继而形成小水泡，小水泡很快破裂，并相互连接，形成树枝状浅溃疡(临床诊断为树枝状角膜炎)。疼痛、畏光、流泪、睑痉挛症状加剧。角膜知觉减退。这种溃疡如不向周围及深层发展，历时数天至数周可愈合，留下少许瘢痕混浊，对视力影响不大。树枝状者久治不愈或使用了激素，则病变向深广发展成地图状(地图状角膜炎)，症状又复加重，并常继发虹膜睫状体炎，但通常无前房积脓，提示有细菌混合感染的可能。炎症消退，溃疡愈合，多留下一定程度的瘢痕和新生血管，危害视力。
单疱角膜炎的另一种临床表现是盘状角膜基质炎，是角膜组织对抗原物质的一种免疫反应。症状较缓和，病程长，表现为角膜水肿、增厚、后弹力层皱褶，但上皮完整，不染色。
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