1．卵巢恶性肿瘤：卵巢恶性肿瘤患者一般情况差，病情发展较迅速，腹部肿块增大及腹水增多导致持续性腹胀，腹胀往往是晚期的表现，持续性钝痛多见。体检可们及盆腔内包块，质地较硬，囊实性，表面高低不平，活动度差，可有轻度压痛，子宫内膜位症患者：伴发大量腹水者较少见。子宫内膜异位症患者的血清CAl25升高程度较卵巢癌低，血清CAl25＞400KU／L时，卵巢恶性肿瘤的可能性较大。B超检查显示肿瘤包块以实性或混合性多见，形态多不规则，对于子宫内膜异位症熟连严重者鉴别困难。诊断不明者尽早剖腹探查，明确诊断以免延误治疗。
2．卵巢良性肿瘤：常见的良性畸胎瘤、浆液囊腺瘤、教液性囊腺瘤等到主要表现为卵巢肿块，需与卵巢子宫内膜异位症相鉴别。此类肿块很少与周围组织黏连。良性畸胎瘤如含有钙化组织，通过X线摄片可区别。B超检查可提示有囊液清，回声均匀，可有乳头状。卵巢子宫内膜异位症的囊肿B超图像为颗粒状或不均匀细小回声，难以区别者’行腹腔镜检查和剖腹检查。
3．多囊卵巢综合征：多囊卵巢综合征也有不孕、月经失调、双侧卵巢增大等症状，与于宫内膜异位症患者类似。但前者可具有特征性的持续无排卵和雄激素过多引起的肥胖、多毛和黑棘皮症。通过基础体温测定、诊断性刮宫等方法提示无排卵，有助囊卵巢综合征的诊断，血清LH／FSH＞3，B超显示双侧卵巢均匀性增大，包膜回声增强，内部多个大小不等的无回声区。腹腔镜直视检查，卵巢可增大1—3倍，包膜增厚光滑，呈珍珠状，包膜下显露多个卵泡，无排卵征象。’而卵巢巧克力囊肿腹腔镜下观察，一侧或双侧卵巢增大，表面发蓝或呈深棕色，或穿刺抽得深棕色“巧克力”样液体，区别较容易。取卵巢组织送病理检查可明确诊断。
4．慢性盆腔炎和盆腔炎性包块：本病形成的黏连性病变与盆腔子宫内膜异位症者相类似。平时有下腹部隐痛，较子宫内膜异位症者轻，在劳累、性交后及月经期前后加重，伴有低热，抗炎治疗有效。
5．生殖器结核：低热、痛经、不孕、盆腔有鼓连、增厚及结节是子宫内膜异位症与生殖器结核的相似之处，但前者痛经明显，月经量多，子宫增大，后者可能提供既往阳性病史或其他部位可发现结核病变。子宫输卵管碘油造影表现为：宫腔呈不同形态和不同程度狭窄或畸形；输卵管僵直，呈念珠状；盆腔有钙化斑点；与子宫内膜异位症HSG表现不同。诊断性刮宫、子宫输卵管碘油造影及腹腔镜检查是较好的鉴别诊断措施。
6．子宫腺肌病：经量增多、经期延长、痛经症状与子宫内膜异位症相似，甚至更剧列。子宫多呈球形均匀性增大，以后壁为主，很少超过妊娠12周子宫大小，质地较正常子宫硬。经期检查时，子宫压痛更明显，B超检查提示肌层增厚及不规则回声增强，MRI对子宫腺肌病术前诊断率达88．2％一100％。其表现为边界不清的病灶内有圆点信号和子宫基底部毛糙。后者影像学检查对鉴别诊断有较高的价值。
7．特殊子宫内膜异位症的鉴别诊断
(1)会阴子宫内膜异位症的鉴别诊断：绒毛膜上皮癌外阴部转移结节：此类结节体积较大，增长快，紫蓝色质地脆，易致大出血。患者很少疼痛，有妊娠、流产或葡萄胎病史。
妊娠试验阳性。仔细询问和检查，结合实验室检查容易鉴别。
(2)阴道子宫内膜异位症的鉴别诊断：阴道壁中肾管囊肿：常见于阴道侧壁或阴道前壁，可单发或成串状，直径1—5cm不等，向阴道内凸起，表面的阴道教膜变薄发白，囊内多含澄清浆液，肿块边界清楚，囊性感明显，可随阴道教膜活动。多无症状，较大者可有性文不适，容易鉴别毛膜上皮癌阴道转移结节：本病以血行转移为主，累及阴道的转移瘤较多见，可单发或多发。
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